Расследование началось в конце 1600 года с доноса казначея Александра Романова, второго Бартенева, на своего хозяина, который-де хранит у себя «коренье». При обыске на подворье Александра Никитича те «корешки» обнаружились. После этого и началось дознание, в ходе которого Федора Никитича «не единожды» подвергали пытке.
Ясно одно: Годунов хотел избавиться прежде всего от нашего «охотника», и поэтому он единственный был не просто сослан, а сразу же пострижен. Совершенное насильно или же добровольно, пострижение означало, что человек уже становился до конца своей жизни монахом. И если Годунов хотел избавиться от опасного соперника, то он преуспел в этом. «Филарет, в конце концов, достиг власти даже большей, чем та, которая когда-либо была у Бориса, так как она распространялась и на всю духовную сферу, но царские бармы он уже не смог надеть на себя никогда», – точно подметила исследовательница.
А вот как описывала она реалии иноческого бытия Филарета:
Разлученный с семьей, Федор Никитич в июне 1601 г. отправился на север. Царь приказал снабдить его в монастыре всем необходимым, дать новое платье, сапоги, шубу, новую скуфью и «ряску». В его келье жил и некий «малый», к которому «старец» так привязался, что, по сообщению пристава, был готов «душу свою за него выронить». Кто был этот «малый»? Мы знаем, что «беглец», очевидно бывший холоп Романовых, – единственное лицо, теперь напоминавшее Федору Никитичу о его прежней жизни, хороший собеседник. Ведь в монастыре из-за боязни, что случится встреча со знатным узником, не велено было пускать к нему даже обычных «прихожих людей». Филарету при выходе на клирос строго запрещалось вступать в какие бы то ни было разговоры.
Филарет живет «не по монашескому чину», не ходит к духовнику и, хотя ему разрешено, «на крылосе не стоит». Монахи жалуются на его грубость, на то, что он выгоняет их палкой из кельи. Особенно Филарет «лает» ненавистного ему старца Иринарха, поселенного к нему вместо «малого». Временами, как сообщают другие старцы, Филарет начинает «смеяться неведомо чему».
Он даже грозится: «Увидят они, как он вперед будет». Филарет далек от всепрощения, не может забыть обиды, страшным гневом пылает на «бояр», попустительствующих царю, повторяет: «Бояре-де мне великие недруги; они искали голов наших (Романовых. – В. Б.), а иные поучали на нас говорить людей наших, я сам видал это не однажды».
Вопль души слышится в словах Федора Никитича, обращенных к семье. Ксения Ивановна была тоже пострижена и под именем Марфы сослана в Заонежский Толвуйский погост, а дети – Михаил, Татьяна и Иван – сосланы с другими родственниками на Белоозеро, где маленький Иван умер. Когда Федор Никитич «вспоминал» их, он уже не мог смеяться. «Милые… мои детки маленки… бедные осталися; кому… их кормить и поить? таково ли… им будет ныне, каково им при мне было?» Думал, конечно, 45-летний Федор и о своей молодой еще жене (ей, вероятно, не было и 30 лет): «А жена… моя бедная, наудачу уже жива ли?» Он чувствует, что «она где-то близко… замчена, где и слух не зайдет!». Это не голос монаха, а голос человека земного, смятенного, смертельно раненного душевно: «Мне уже что надобно? Лихо… на меня жена да дети, как… их помянешь, ино… что рогатиной в сердце толкнет; много… иное они мне мешают; дай, Господи, слышать, чтобы… их ранее Бог прибрал, и яз бы… тому обрадовался; а чаю… жена моя и сама рада тому, чтоб им Бог дал смерть, а мне… бы уже не мешали, я бы… стал промышлять одною своею душою, а братья… уже все, дал Бог, на своих ногах».
В. Г. Вовина сообщает и о судьбе младших братьев Филарета:
Конечно, братья были «на своих ногах». Но ведь это были младшие братья. А он – старший, вспоминает о них и, как за детей и жену, несет ответственность и за них тоже. И вот теперь Александр сослан на Усолье, где в темнице «удушен». Михаила «удавиша» в Великой Перми. Там же над гробом его «в пусте месте» выросли «два кедра». Страшны скудные сведения источников. Но трагедия этой семьи видна из дошедшего до нас частично «дела» о «разсылке» Романовых, где сообщается о судьбе младших братьев, Ивана и Василия. Иван был сослан в Сибирь, в Пелым, с приставом «для береженья». Василия же отправили в Яренск. По дороге предписывалось братьев «беречь», чтобы «не утекли» и «лиха никоторого над собою не учинили».