Папский престол обвинял Фридриха, стремившегося включить в состав своей империи не только христианские, но и мусульманские народы, во враждебности христианству, колдовстве и чернокнижии. В действительности же этот государь, покровитель искусств и наук, стремился к восстановлению изначального канонического устроения христианской церкви, возвращению ее к выборности епископов и соборному устройству и, хотя продолжал исповедовать римско-католическую догматику (в частности, введенное папами римскими на латинском Западе, под давлением Карла Великого, лжеучение об исхождении Святого Духа не только от Бога Отца, но и от Бога Сына — пресловутое «филиокве»), все активнее стремился к диалогу с Восточной (греко-православной) церковью.
Как и у других императоров из дома Гогенштауфенов, вся жизнь Фридриха II была омрачена конфликтами с папским Римом. Еще во время своей коронации германским королем в Ахене в 1212 г. Фридрих дал обет принять участие в крестовом походе. В период между 1219 и 1229 гг. обетованный поход в Святую землю дважды откладывался им на более поздний срок. И все три раза срок выступления Фридриха в поход продлевался папой Гонорием III.
По Сан-Джерманскому договору 1225 г. Фридрих снова обязался выступить в крестовый поход не позднее, чем через 2 года. Но это была уже последняя попытка. В случае нарушения данного обета императору грозило отлучение от>- церкви. Когда Григорий IX в 1237 г. взошел на папский трон, он менее чем через месяц после своей интронизации призвал Фридриха выполнить наконец свое обещание. Хотя тысячи других крестоносцев, собравшихся в августе того же года в южно-итальянском порту Брундизиуме (Бриндизи), не смогли переправиться морем в Святую землю вследствие вспыхнувшей среди них эпидемии, император Фридрих тем не менее вышел в море. Однако в пути он также тяжело заболел и был вынужден снова сойти на берег в Отранто. Папа счел его болезнь притворством и по прошествии месяца отлучил Фридриха II (которого за терпимость к магометанам именовал не иначе как «сицилийским султаном»!) от церкви. Тем самым ему было запрещено участвовать (до снятия отлучения) в крестовых походах.
Невзирая на папское отлучение, римско-германский император весной 1228 г. направил своего маршала в сопровождении 500 рыцарей в Палестину. В конце июня за ними последовал сам император во главе 300 рыцарей. Незадолго до высадки в Акконе Фридрих II получил известие, что папа повторно отлучил его от церкви, ибо он отправился в крестовый поход, не дожидаясь снятия с него предыдущего отлучения.
Один из наиболее выдающихся вассалов этого величайшего монарха из дома Гогенштауфенов, Томмазо (Фома) I ди Аквино, граф Ачерра, будучи императорским наместником в Сирии, фактически проложил Фридриху путь в Землю обетованную, сопровождал императора в его первом походе в Германию, а затем был послан особым уполномоченным на Сицилию, а позже вел от имени «сицилийского султана» переговоры с папой. Впоследствии Томмазо II из Аквино, другой наместник Фридриха (и его зять), погиб вместе с последним Гогенштауфеном — Конрадином — в борьбе с французами Карла Анжуйского за Сицилию. Любопытно, что ближайший родственник двух этих лангобардских сторонников императора («гибеллинов») — виднейший римско-католический богослов Томас (Фома) Аквинский, автор «Суммы богословия» (лат.: Summa Theologiae), неустанный проповедник идей древнегреческого «царя философов» Аристотеля, прозванный ангелическим доктором, пошел явно не в родню, поставив все свои силы и таланты на службу партии гвельфов — сторонников духовной и светской власти римских пап. Но это так, к слову…
Из-за небольшой численности имевшихся у Фридриха II войск его военное положение в Земле обетованной представлялось чрезвычайно неблагоприятным. Две сарацинские армии, значительно превосходящие военные силы римско-германского императора по численности, стояли наготове для уничтожения его войска. Надежд на приход значительных подкреплений из Европы, ввиду папского отлучения, питать не приходилось. Но Фридрих Гогенштауфен проявил всегда присущие ему качества незаурядного дипломата. В своем письме султану Египта аль-Камилю «сицилийский султан» подчеркивал следующее:
