Особый отдел находился в Санкт-Петербурге, на набережной реки Фонтанки, в доме номер 16, на четвертом этаже. Первоначально штат его состоял из 13 человек, хотя на самом деле, с учетом «прикомандированных сотрудников», он был больше, и в 1911 году с их учетом насчитывал 59 человек, а к декабрю 1916 года разросся уже до 100 единиц.
На работников Особого отдела, не считая руководства агентурой (включая зарубежную, которая возглавлялась штатным сотрудником Департамента полиции), возлагались также обязанности по систематизации всей информации, поступавшей из местных розыскных органов, ее анализу, подготовке отчетов, обзоров, записок как министру внутренних дел, так и самому Николаю II. Они также разрабатывали и рассылали в подведомственные учреждения «циркулярные указания по организации и осуществлению политического розыска».
В циркулярах Департамента полиции указывалось, что критерием успешности деятельности охранных отделений является не количество произведенных ими «ликвидаций» (то есть арестов лиц, типографий, складов литературы, оружия и тому подобного), а число предупрежденных преступлений и процентное соотношение числа арестов к числу дел, переданных в суды.
В докладной записке от 2 февраля 1902 года заведующий Особым отделом Л. А. Ратаев отмечал, что «революция идет вперед, захватывая все более и более широкие слои общества, изобретает новые формы… Студенческие волнения, стачки, забастовки застигли высшую администрацию провинциальных городов совершенно неподготовленной к борьбе».
В связи с этим он полагал, что сотрудники розыскных учреждений, включая и губернские жандармские управления, должны «быть ознакомлены со всеми новейшими явлениями общественной жизни, дабы стоять на уровне современного течения и развития общественной мысли». Этот фрагмент цитируемой записки позволяет нам перейти к крайне важному вопросу — подбору кадров для органов государственной безопасности Российской империи и их профессиональной подготовке.
Со времен Николая I политическим розыском в России занимались две категории лиц — статские чиновники III отделения или Министерства внутренних дел и жандармские офицеры, проходившие службу как в подразделениях Отдельного корпуса жандармов и его губернских управлениях, так и в розыскных учреждениях Департамента полиции — его отделениях и пунктах. (На службу в Отдельный корпус жандармов зачислялись только армейские офицеры, имевшие не менее трех лет военной выслуги и выдержавшие вступительный экзамен.) Сотрудники учреждений политического розыска могли закончить военные или гражданские учебные заведения, иметь тот или иной уровень общего образования в зависимости от личных наклонностей и интересов, но специальную розыскную подготовку с начала 90-х годов XIX века все они получали на краткосрочных курсах при штабе Отдельного корпуса жандармов.
Жандармские офицеры, считавшиеся наиболее подготовленными для политического сыска, возглавляли розыскные отделения и пункты в губерниях и городах. Единственное исключение из этого правила составлял Сергей Васильевич Зубатов, являвшийся чиновником статской службы в ранге надворного советника (гражданский чин VII класса, соответствовавший чину подполковника). В 1896–1902 годах Зубатов возглавлял Московское охранное отделение (причем его деятельность распространялась на восемь губерний европейской России), а затем в течение года был начальником Особого отдела Департамента полиции. (Зубатов сменил на этой должности Л. А. Ратаева, с июля 1902 года возглавившего Заграничную агентуру Департамента полиции со штаб-квартирой в Париже.)
П. П. Заварзин, служивший до революции в жандармском корпусе, впоследствии, уже находясь в эмиграции, опубликовал в 1927 году в Париже книгу «Работа тайной полиции». Вот что он, в частности, пишет там о середине 1890-х годов: «В то время политический розыск в империи был поставлен настолько слабо, что многие чины его не были знакомы с самыми элементарными приемами той работы, которую они вели, не говоря уже об отсутствии умения разбираться в программах партий и политических доктринах. Зубатов первый поставил розыск в Империи по образцу западноевропейскому, введя систематическую регистрацию, фотографирование, конспирирование внутренней агентуры и так далее».
