В 1446 г., когда великий князь Василий Васильевич был ослеплен князем Димитрием Шемякою, занявшим московский престол, и сослан в Углич, Шемяка, желая иметь в руках своих и малолетних детей Василия, которые были скрываемы в Муроме, вызвал Рязанского епископа Иону и обещал ему митрополию, если он отправится в Муром, возьмет «на свою епитрахиль» этих детей и привезет в Москву. Иона, не подозревая злых намерений Шемяки, исполнил его волю, привез детей в Москву и потом отвез к отцу в Углич. Тогда Шемяка повелел Ионе жить на митрополичьем дворе и Иона повиновался. Но скоро обстоятельства изменились. Василий Васильевич снова занял великокняжеский престол, и против Шемяки, бежавшего из Москвы и продолжавшего смуты, Собор русских владык и прочего духовенства издал (29 декабря 1447 г.) известное обличительное послание. В числе этих владык стоит и имя Ионы, только не митрополита, а владыки Рязанского, и не на первом, а на третьем месте, после владык Ростовского и Суздальского. Уже не прежде как в 1448 г. святой Иона достиг наконец митрополитского сана, к которому был избран семнадцать лет тому назад по смерти Фотия.
Исидор, осужденный в России за измену православию, удалился в Рим и хотя продолжал титуловать себя Русским митрополитом, но не был признаваем Русскою Церковию. Великий князь Василий Васильевич многократно пытался послать своих послов в Константинополь известить царя и патриарха об измене Исидора и просить их о поставлении для России нового митрополита, но не находил возможности. Ему постоянно препятствовали домашняя кровавая борьба, которую он вел с князем Димитрием Шемякою, грабежи и разбои, совершавшиеся на пути из России в Константинополь, а особенно то, что в самом Константинополе не к кому было обратиться: и царь и патриарх держались Флорентийской унии. От них нельзя было ожидать ни осуждения Исидору, ни назначения на место его нового православного митрополита. Напротив, второй после Митрофана (4 мая 1440 г. – 1 августа 1443 г.) латинствовавший патриарх Григорий Мамма (7 июля 1446 г. – август 1451 г.) принимал у себя Исидора и рукоположил вместе с ним в Константинополе епископа Даниила на епархию Владимиро-Волынскую, а когда киевский князь Александр Владимирович, зять великого князя Василия Васильевича московского, спросил его, патриарха, чрез своего слугу о Флорентийской унии, то написал к этому князю, восхваляя унию, чтобы он принял «кира Исидора, митрополита и кардинала», имел к нему послушание и не принимал к себе никакого епископа или инока, которые учат несогласно с Флорентийскою униею. Что же оставалось делать? Ждать более благоприятных обстоятельств? Но Россия и без того ждала уже очень долго и около семи лет оставалась без митрополита. А притом неизвестно было, настанут ли и скоро ли настанут такие обстоятельства в Константинополе. И вот Василий Васильевич решился на последнее средство, какое у него оставалось, – решился созвать всех епископов своей земли и предложить им, чтобы они сами поставили для России митрополита, и именно Иону, епископа Рязанского, как избранного к тому еще прежде. По зову великого князя прибыли в Москву епископы: Ефрем Ростовский, Аврамий Суздальский, Варлаам Коломенский, Питирим Пермский, а владыки – Новгородский Евфимий и Тверской Илия прислали свои грамоты, в которых выражали свое согласие на поставление Ионы в митрополита. Собор открылся в церкви святого архангела Михаила, и здесь присутствовали, кроме святителей, множество архимандритов, игуменов и прочего духовенства. Прежде всего обратились к правилам святых апостолов и Соборов и нашли, что правила эти не только не возбраняют, напротив, повелевают епископам известной области поставлять большего святителя или митрополита. Чувствовали, что в России для этого нужны согласие и благословение Цареградского патриарха, и сослались на то, что патриарх с своим освященным Собором уже давно благословил Иону быть митрополитом после Исидора, когда Иона ездил в Константинополь. Припомнили, что в России и прежде по нужде ставились митрополиты Собором своих архиереев: Иларион при великом князе Ярославе и Климент при Изяславе. Вследствие всего этого Иона, епископ Рязанский, 5 декабря 1448 г. поставлен был в митрополита. Самое поставление состояло в том, что при совершении Ионою Божественной литургии на него возложен был митрополичий омофор, а в руки ему дан был великий митрополичий посох – символ митрополитской власти. Это был первый митрополит, поставленный своими епископами собственно в Москве, тогда как прежние два опыта совершены были еще в Киеве.
