Среди преступлений, подпадавших ведению инквизиции и наказуемых ею, находилась также и полигамия. Неисправившиеся, несмотря на данное обещание, полигамисты подвергались различным исцеляющим покаяниям, как пост, молитвы, и т. д., и затем ссылались на галеры на срок от шести до семи лет. Если преступник принадлежал к низшему слою населения или даже к среднему классу, то подвергался жесточайшей порке, конфискации половины принадлежащего ему имущества и возложению на голову во время экзекуции позорной епископской камилавки.
В 1612 году папа Павел V обнародовал буллу, направленную против тех духовников, которые во время исповеди позволяли себе неблагопристойность в отношении своих прихожанок или вовлекали их в непотребство. Подобные обвинения должны были поступать на рассмотрение святой инквизиции и рассматриваться ею самым добросовестным и тщательным образом. Эта энциклика папы поставила духовенство в ужасное положение. Когда эдикт был обнародован в церквях Севильи и все прихожане получили угрожающее предостережение, с обязательством в тридцатидневный срок назвать имена тех святых отцов, которые осквернили исповедальное кресло, случилось неожиданное явление: ко дворцу инквизиции с жалобами на своих духовников устремилась такая масса женщин, что двадцать секретарей и столько же инквизиторов не имели возможности справиться с привалившей работой, заключавшейся в составлении со слов просительниц письменного доклада. Срок принесения жалоб был продлен еще три раза на тридцать дней, и, когда инквизиция убедилась в том, что нет никакой возможности наказать огромное количество прелюбодеев, она уничтожила обнародованный эдикт и замяла весь начатый ею же самою процесс. В обычных случаях уличенный в прелюбодеянии духовник, если обвинительница его не оставляет желать ничего лучшего в смысле ее безупречности и правдивости, приговаривался к обыкновенному покаянию постом и молитвой и затем либо отправлялся на галеры, либо заточался навеки в тюремную келию.
Наказания за еретичество, в зависимости от важности совершенного преступления, назначались различные. Если виновный принадлежал к простонародию, то его заставляли носить позорную шапку на голове, язык его фиксировался во рту при помощи железного или деревянного кляпа, его влекли по улицам города, жестоко избивали плетьми и затем сжигали на костре. Если же совершивший такое преступление происходил из знатного рода, то его заточали на известное время в монастырь и обкладывали особым, так называемым «покайным штрафом», доходившим иногда до значительных сумм. Если проступок, например клятвопреступление, признавался не очень тяжелым, то кающийся должен был во время богослужения оставаться в церкви без шляпы, плаща и сапог, туловище его обвивала веревка, в руку ему давали зажженную свечку.
Гадальщики на картах, предсказыватели судеб и астрологи наказывались изгнанием, лишением звания и прав состояния, поркой или, наконец, тюремным заключением, в зависимости от тяжести содеянного преступления.
Евреи были особенно ненавистны инквизиции, к ним придирались безжалостно, их обкладывали денежными штрафами, секли розгами и сажали в тюрьмы.
Лжесвидетели приговаривались к вечному одиночному заключению; в тех же случаях, где ложные показания не имели дурных последствий, виновных подвергали бастонаде, порке плетью и изгнанию или ссылке.
Когда инквизиция приговаривала какого-либо монаха к наказанию розгами или плетью, то экзекуция производилась в том самом монастыре, к которому был причислен монах, в присутствии нотариуса святого трибунала. Сначала преступника водили вокруг монастыря со связанными руками, а затем во время шествия начиналось сечение по обнаженным плечам и спине, производившееся самими братьями-монахами. Монотонность вечного тюремного заключения впоследствии разнообразилась тем, что преступников время от времени назначали привратниками у церковных дверей.
Одним из изданных декретов повелевалось, чтобы кающиеся присутствовали на богослужении по воскресным и праздничным дням; затем было сделано следующее добавление: «Во все воскресные и праздничные дни, во время чтения мессы, между апостолом и евангелием, в церковь должны быть введены еретики, без верхнего платья, капюшона и шляпы, с розгами в руках: в это время их следует сечь. И пусть священник, совершающий мессу, разъяснит всем присутствующим на богослужении мирянам, что наказание возложено на преступников за то, что, по еретическим наклонностям своим, они совершили великие грехи».
