Первые же царственные распоряжения новой императрицы Екатерины Алексеевны обнаруживают ее сметливый ум и умение ориентироваться в сложной внутриполитической и придворной обстановке.
Помимо амнистий и награждений, столь обычных для любого переворота, Екатерина II предпринимает ряд экстренных мер. Почти тотчас всю армейскую пехоту Петербургского и Выборгского гарнизонов она подчиняет лично преданному ей Кириллу Разумовскому, а кавалерию — графу Бутурлину. Немедленно были отменены в армии все нововведения прусских порядков. Уничтожена зловещая Тайная канцелярия. Запрещением вывоза хлеба довольно быстро ликвидируется резкий взлет цен на хлеб в Петербурге. Кроме того, новая императрица 3 июля снижает и цены на соль (на 10 коп. с пуда).
Шестого июля был издан манифест о воцарении Екатерины II. В сущности, это был памфлет против Петра III. Выпятив все наиболее «противныя» тогдашнему обществу поступки Петра III, новая императрица с большим «душевным надрывом» расписала недостойное отношение бывшего императора к русской церкви и православию вообще. Екатерина II отменяет и указ Петра III о секуляризации церковных имений.
Правда, первое время взнесенная на трон Екатерина чувствует себя неуверенно и крайне боится придворных интриг. Она делает отчаянные попытки, чтобы задушить старый роман со Станиславом Понятовским, готовый вот-вот вспыхнуть вновь.
И все же главная опасность в придворной ситуации была не в Понятовском — был живой, хотя и бывший уже император Петр III. Именно это обстоятельство гложет мозг новой императрицы первые дни и ночи после переворота. Для ликвидации отрекшегося Петра III не нужны были специальные заговоры, вдохновители переворота 28 июня с первого взгляда понимали желания новой царицы. Ход дела в Ропше до сих пор неизвестен, но то немногое, что историкам известно, заставляет не сомневаться в специально организованном убийстве Петра Федоровича. Отправленный в Ропшу Петр III был в трансе, все время недомогал.3 июля к нему был послан лекарь Лидере, а4 июля второй лекарь Паульсен. Весьма симптоматично, что6 июля утром, в день убийства, из Ропши был похищен камердинер Петра III, вышедший в сад «подышать чистым воздухом».
Вечером того же дня всадник доставил Екатерине II из Ропши пакет, где была записка с пьяными каракулями Алексея Орлова. В ней, в частности, говорилось следующее: «Матушка! Готов идти на смерть; но сам не знаю, как эта беда случилась. Погибли мы, когда ты не помилуешь. Матушка — его нет на свете. Но никто сего не думал, а как нам задумать поднять руки на государя! Но, государыня, свершилась беда. Он заспорил за столом с князь Федором; не успели мы разнять, а его уже и не стало».