Практические результаты деятельности Библейского общества были невелики, прежде всего к ним следует отнести распространение системы ланкастерского обучения, которое давало возможность в короткие сроки привить неграмотному человеку навыки чтения и арифметического счета. Ланкастерские школы открывались в армии, в городах и помещичьих усадьбах.
Забота о нравственности молодежи, о пресечении вольнодумства, безбожия и «мечтательного философствования» была возложена на личного друга царя князя А. Н, Голицына, который долгие годы был обер-прокурором Синода, а в 1817 г. возглавил вновь учрежденное Министерство духовных дел и народного просвещения. Проникнутый александровскими идеями строения единой европейской христианской нации, Голицын стремился подчинить науку и светское просвещение христианской вере. Православную церковь он желал уравнять с другими христианскими конфессиями, что вызывало недовольство православных иерархов, и одновременно устраивал гонения на учебные заведения. В 1819 г. подвергся погрому Казанский университет, ревизуя который, М. Л. Магницкий, недавний сотрудник Сперанского, сделавшийся обскурантом, нашел столь явные свидетельства религиозного вольнодумства, что предложил «уничтожить» университет. Александр I повелел не разрушать, но исправить, поручив это Магницкому. Уволив часть профессоров и введя казарменную дисциплину, тот вскоре доложил: «Яд вольнодумства окончательно оставил университет, где обитает ныне страх Божий». Магницкий требовал, чтобы все учебные дисциплины, даже математика, физика и астрономия, преподавались на основании истин Священного Писания. Тогда же были уволены некоторые профессора Харьковского университета, а в Петербургском университете по инициативе попечителя Д. П. Рунича был начат процесс против лучших профессоров, обвиненных в «робеспьеризме», в том, что они преподают «в противном христианству духе».
После Семеновской истории во внутренней политике и правительственной идеологии произошли определенные перемены. Мистический обскурантизм и христианский универсализм стали вызывать подозрение как связанные с европейским масонством и тайными антиправительственными обществами. Революции в Испании, Неаполе, Португалии, студенческие волнения в германских государствах, греческое восстание воспринимались Александром I как проявления заговора, направленного против христианских начал Священного союза. Каподистрия утверждал: «Подобные события побудили императора видеть и подозревать везде деятельность какого-то распространенного комитета, который, как полагали, распространял из Парижа свою деятельность по всей Европе с целию низвергнуть существующие правительства и ввести свойственные революции формы и деспотизм. С этой поры все усилия министерства были направлены к тому, чтобы бороться с этим началом беспорядка и буйства».
Александр I пересмотрел свою конфессиональную политику. Долгие годы он подчеркивал важность принципа веротерпимости, в начале царствования снял запреты на деятельность масонских лож, которые рассматривались им как инструменты нравственного совершенствования человека и общества. В отличие от большинства европейских стран в России открыто действовали иезуиты, чье влияние было особенно заметно в привилегированных частных школах и пансионах.
В августе 1822 г. все масонские ложи и тайные общества вообще в России были запрещены. Затем последовало изгнание иезуитов. В гвардии и армии была создана тайная полиция. Было признано, что ланкастерская система дурно действует на солдат и подрывает воинскую дисциплину. В 1824 г. Библейское общество было переведено в ведение Синода, что практически означало прекращение его деятельности.
Уступая требованиям ревнителей православия, чьи взгляды выражал ханжа и фанатик архимандрит Фотий, Александр I отправил в 1824 г. Голицына в отставку и упразднил возглавляемое им министерство. Тем самым окончательно рушились мечты императора о возможности соединения христианских церквей и создании единой европейской христианской нации, о чем он много говорил после Венского конгресса. Новым министром просвещения стал А. С. Шишков, известный ревнитель православной старины. Он заявил: «Науки не составят без веры и без нравственности благоденствия народного. Они столько полезны в благонравном человеке, сколько же вредны в злонравном. Сверх того, науки полезны только тогда, когда, как соль, употребляются и преподаются в меру, смотря по состоянию людей и по надобности, какую всякое звание в них имеет».
