Екатерина II, остро почувствовав опаснейший момент, одним махом порушила эти планы. На встрече с К. Г. Разумовским она решительно предложила ему отказаться от гетманства, что Разумовский и сделал.
Украинское шляхетство в системе империи. 17 января 1764 г. вновь учреждена Малороссийская коллегия во главе с выдающимся полководцем П. А. Румянцевым. Началась полоса «вхождения» Левобережной Украины в систему российской государственной машины. П. А. Румянцев быстро расправился с оппозицией, тем более что старшину рядовое казачество поддерживало не ахти как активно, ибо это был период резкого усиления феодального гнета. Полковое управление было ликвидировано. Возникло пять провинций с центром в Харькове. Вместо казацких были сформированы новые гусарские полки, а старшина, перешедшая в эти полки, была включена в дворянство. Рядовое казачество стало «войсковыми обывателями». На территории Гетманщины в 1782 г. образовали три наместничества (Киевское, Черниговское и Новгород-Северское). В 1783 г. все казацкие полки были заменены армейскими частями. Наконец, в том же 1783 г. были окончательно запрещены переходы крестьян и крепостное право стало реальным фактом. По Жалованной грамоте дворянству украинское шляхетство обрело все права и привилегии российского дворянства.
Интенсивно развивался процесс феодализации казацких общин и в Запорожье. Здесь выделялась богатая старшина, злоупотреблявшая свой властью и правами. Казаки занимались земледелием и скотоводством. На рынок шли тысячи голов лошадей, крупного рогатого скота, овец, а также шерсть, мясо, сало и т. п. Запорожские лошади продавались и в Великороссии, и в Западной Европе, хлеб шел в Крым, к ногаям и т. д. Развиты были и рыбные промыслы. Среди населения Запорожья, как и всюду в Украине, заметна имущественная дифференциация. Категории казаков и «посполитых» не были однородными, а выделяли богатую верхушку и беднейшую часть населения.
С точки зрения военной и административной организации Запорожье в XVIII в. имело следующую структуру. Вся территория делилась на 8 округов, называемых «паланка». Во главе паланки стоял полковник и паланковая старшина. Им подчинялись сельские атаманы и атаманы казачьих и «посполитых» громад (обществ). Высшим звеном администрации Запорожья был кошевой атаман и кошевая старшина (судья, писарь и есаул). Кошевая администрация располагалась в Запорожской Сечи. Это была крепость с башнями, рвами и валами. В центре ее находилась обширная площадь, а вокруг нее 38 куреней. В них жили казаки гарнизона Сечи. Тут же были здания администрации, склады, церковь и т. д. В Сечи располагалась и царская администрация — гарнизон со штаб-офицером во главе.
Военная помощь запорожских казаков царскому правительству, борьба с турецко-татарской агрессией — все это заставляло считаться с Сечью. Однако царизм тяготился ее существованием, и дело было не только в эпизодических разбоях. Сечь все еще была символом вольности и свободы. Сюда направлялись потоки беглых крестьян и казаков из пределов панской Польши, да и из приграничных областей России. Огромную роль сыграла Запорожская Сечь в народном восстании в Правобережной Украине в 1768 г., известном под названием «Ко-лиивщины». Знаменитый предводитель этого движения Максим Зализняк был казак Запорожской Сечи. Сечь стала местом формирования многочисленных отрядов казацкой голытьбы («серома»), направлявшихся на борьбу с панами Правобережной Украины. Нередки были волнения гайдамаков и в самой Сечи. В конце декабря 1768 г. здесь вспыхнуло восстание. Каратели из казацкой старшины и царского гарнизона с трудом подавили восстание. Но в следующем, 1769 г. в Сечи вспыхнули новые беспорядки. Весьма неспокойная обстановка в Запорожье была в период крестьянской войны 1773–1775 гг., участились нападения казаков на правительственные отряды.
Конец Запорожского войска. С освобождением по Кю-чук-Кайнарджийскому миру от турецко-татарской власти территории Причерноморья значение Сечи как важнейшего форпоста России в борьбе с турками и татарами упало. Все это побудило Екатерину II в кратчайший срок покончить с опаснейшим Запорожским казачьим войском. Летом 1775 г. крупный отряд войск генерала П. А. Текели занял Сечь, а 3 августа вышел манифест об упразднении Запорожского войска. Верхушка запорожской старшины получила российское дворянство, чины и земли. Рядовые казаки и «посполитые» превратились в крепостных. Аналогичные преобразования были проведены и на Дону. В 1775 г. под названием «Войсковое гражданское правительство» здесь введена была обычная система губернских учреждений.