Австрийский император на все справедливые упреки Петра обещал лишь поддержать Россию на переговорах с Турцией и ничего не совершать без согласия царя. Следующая задача Петра — переговоры с Венецией. Однако тревожная весть, хотя и с месячным опозданием, об очередном волнении стрельцов заставила Петра выехать из Вены 19 июля 1698 г. и вернуться в Москву (хотя о подавлении волнений он узнал еще в пути).
Стрелецкий бунт 1698 г. Перед длительной поездкой за рубеж Петр принял все меры, дабы гарантировать стольному граду вообще и Кремлю в частности полную безопасность. Уезжая, Петр, например, дал срочные назначения на службу в далекую провинцию всем родичам своей уже опостылевшей жены Евдокии Лопухиной, на которой его женили в 17лет, но его с ней отношения дошли до полной отчужденности. Тем более Петр был предусмотрителен, когда речь шла о стрельцах, понимая, что общая тенденция в перестройке армии не сулила стрелецким полкам никаких перспектив. После взятия Азова ни одно формирование московских стрельцов в столицу не вернулось. Когда «великое посольство» отъехало за рубеж, стрельцов в Москве вообще не было. Четыре полка из-под Азова были отправлены в Великие Луки, а потом в Торопец. Оторванные на месяцыи годы от семей, домов, от промыслов, стрельцы роптали. Около полутора сотен их бежало в конце концов в Москву. Разумеется, снова возникла интрига вокруг Софьи, к ней как будто подключилась и другая сестра — Марфа. В итоге стрельцов из Москвы выгнали. Но в Торопце, когда начался сыск беглых стрельцов, возник бунт. Теперь уже все торопецкие полки направились в Москву. Под Воскресенским монастырем боярин А. С. Шеин с войском разбил стрельцов, многих поймали и казнили.
Однако по возвращении гневного царя из-за рубежа начался грандиозный сыск стрельцов четырех бунтовавших полков. Это было начало кровавого террора. В сентябре в Москву свезли в общей сложности более 1700 стрельцов. С 17 сентября начались массовые казни. Сотни виселиц были приготовлены по Белому и Земляному городам. В 14 застенках в селе Преображенском велись жесточайшие пытки. 30 сентября у Покровских ворот было положено начало казни — 201 человек, за октябрь было казнено около тысячи человек. Возле стен Ново девичьего монастыря, у окон кельи царевны Софьи было повешено 195 стрельцов. Несколько месяцев в Москве не прикасались к останкам зарубленных топорами и повешенных людей. В казнях участвовал сам Петр и некоторые его сподвижники. Софья была пострижена под именем Сусанны и оставлена в монастыре. Сестру Марфу постригли и отправили в Александрову слободу. Наконец, еще в сентябре, в канун массовых казней, Петр насильно постриг в монахини свою опостылевшую супругу, преодолев при этом сопротивление церковных иерархов (ведь у Петра от Евдокии был маленький сын Алексей). В следующем, 1699 г. в Москву привезли и казнили еще около семи сотен несчастных стрельцов. Отныне стрельцам и их женам запрещено было жить в Москве, а стрельцам даже поступать в солдаты.
Говоря о первых преобразованиях Петра 1, необходимо помнить, что их корни находились в уходящем XVII в. Уже тогда были введены полки нового строя (солдатские, рейтарские, драгунские), были основаны первые крупные железоделательные производства. В том же XVII в. обозначились и сдвиги в области быта и культуры: при Федоре, в 1681 г. было приказано являться при дворе в коротких кафтанах, а не в традиционных охабнях и однорядках, появились немецкое платье, первые бритобородые щеголи. При Федоре заведена была Славяно-греко-латинская академия и т. д.
Строительство Азовского флота. Первые армейские полки. Преобразования Петра i начались со строительства Азовского флота с помощью натуральной государственной повинности и чрезвычайных поборов, т. е. способов, типичных для деспотического крепостнического государства.
Организация постройки возлагалась на сформированные усилиями самих дворян, духовных чинов и горожан (по указу царя) специальные «кумпанства». Всего их было создано более 30. Техническая документация готовилась во Владимирском Судном приказе. Потом был учрежден Адмиралтейский приказ.