На основе кандидатской диссертации Ильенков в 1956 г. подготовил монографию «Диалектика абстрактного и конкретного в научно-теоретическом познании», которая через четыре года в сильно сокращенном («отредактированном») виде уже под названием «Диалектика абстрактного и конкретного в “Капитале” Маркса» увидела свет. Вскоре книга была переведена на итальянский и японский языки. Эта книга вызвала интерес и споры в философских кругах страны и стимулировала создание теории материалистической диалектики как логики.
Продолжая работать как совместитель на философском факультете МГУ, Э. В. Ильенков вместе во своим сокурсником В. И. Коровиковым по предложению кафедры весной 1954 г. написали тезисы о предмете философии. Как вспоминал Коровиков, «мы их написали, причем нарочито заостренно, иной раз с крайними выводами, чтобы вызвать горячее и, как нам казалось, более полезное обсуждение. Мы не подозревали, что истории с тезисами суждено длиться почти дав года, – были тогда во многом наивными, что истина родится из столкновения мнений и восторжествует в чест-ной научной дискуссии. Но в те времена споры в науке велись отнюдь не ради выявления истины, а по общим инквизиторским сталинским правилам. В сущности, ничто не дискутировалось и глубоко, всерьез не обсуждалось»1516. Друзей обвинили в «гносеологизме», поскольку они отрицали, что предметом философии является «мир в целом» и считали, придерживаясь высказываний Маркса, Энгельса, Ленина, что за философией остается учение о законах мышления, логики и диалектики. Через год, 13 мая 1955 г., на расширенном заседании ученого совета философского факультета его руководство «разгромило» эти тезисы, а друзья были уволены с факультета. Позднее положительные отзывы на эти тезисы Ильенкова и Коровикова пришли от Тодора Павлова и Пальмиро Тольятти. «Большие и малые погромы отнимали у Эвальда Васильевича много сил, времени, творческой энергии, порой доводили до отчаяния. Он мог бы сделать для нашей духовной жизни, философской мысли значительно больше, если бы не постоянные притеснения, обвинения бдительных идеологических охранников», – с горечью констатирует В. И. Коровиков1517. Но можно, видимо, сказать и о положительном результате этого разгрома «гносеологов», поскольку с этого момента ведет начало философское осмысление проблем мышления, которым ранее занимались лишь психологи, в том числе знаменитые Л. С. Выготский и А. Н. Леонтьев.
В Институте философии Э. В. Ильенков уже в 1960-е гг. принял участие в создании обобщающего труда «История диалектики», который по ряду причин тогда не состоялся. Но свои материалы для него Ильенков по предложению директора Института П. В. Копнина оформил в рукопись диссертации «Проблема мышления в немецкой классической философии», которая была в 1968 г. успешно защищена. В 1965 г. Ильенков стал лауреатом премии АН СССР им. Н. Г. Чернышевского.
Эпизодами его жизни и научной деятельности в Институте философии были статьи и книги. Это прежде всего статья «Идеальное» во втором томе «Философской энциклопедии» (1962), за которую его обвинили в объективном идеализме. Ничего крупного больше Ильенков в энциклопедии не публиковал из-за разногласий с ее редакторами. Была опубликована его книга «Об идолах и идеалах» (1968), вызвавшая многочисленные отклики в стране и за рубежом, а также в 1974 г. вышла «Диалектическая логика», переизданная в 1984 г..
Э. В. Ильенков внес немалый вклад в тифлосурдопедагогику, приняв участие в эксперименте своего друга и сокурсника доктора психологических наук А. И. Мещерякова по обучению на факультете психологии МГУ четырех слепоглухонемых студентов. После смерти Мещерякова Ильенков довел эксперимент до конца. По его итогам он опубликовал в журнале «Коммунист» статью «Становление личности. К итогам научного эксперимента» (1977). Жизненный путь Э. В. Ильенкова прервался 23 марта 1979 г. Посмертно в очень сокращенном виде вышла его книга «Ленинская диалектика и метафизика позитивизма. Размышление над книгой В. И. Ленина “Материализм и эмпириокритицизм”» (1980), а кроме того, «Искусство и коммунистический идеал. Избранные статьи по философии и эстетике» (1984) и «Философия и культура» (1991).
