Во время польского восстания 1863 года и до 1865 г. Брафман, занимаясь активной миссионерской деятельностью (его "улов" насчитывал несколько десятков "заблудших душ"), был членом комиссии по разбору бумаг на еврейском языке. С 1866 г. он в "Виленском вестнике" стал публиковать статьи на темы прозелитизма (например, "Взгляд еврея, принявшего православие, на реформу в быте еврейского народа"). В том же году он получил должность цензора еврейских изданий в Вильне, а в 1868 г. выпустил свою первую книгу по "научному" антисемитизму – "Еврейские братства, местные и всемирные". Утверждения Брафмана, что еврейские общины являются государством в государстве, были сочувственно встречены попечителем Виленского учебного округа И.Н. Корниловым (известный географ, впоследствии председатель Петербургского славянского комитета). Корнилов убедил товарища министра просвещения И.Д. Делянова в необходимости использовать Брафмана как человека сведущего в еврейских вопросах и ревностного христианина.
Генерал К.П. Кауфман, бывший губернатором Западного края в 1865- 1866 гг., поручил Брафману сбор кагальных актов. Документы и записки Брафман предоставил начальству. Для рассмотрения предъявленных Брафманом обвинений еврейским общинам в крае была создана так называемая Виленская комиссия, в состав которой по требованию К.П. Кауфмана (затем при сменившем его на губернаторском посту генерале А.Л. Потапове) были введены и евреи. Отстаивая права и обычаи своего народа, еврейские представители пытались доказать недобросовестность Брафмана. Однако это не остановило Брафмана, и он, используя помощь учеников раввинских школ, перевел собранные им документы на русский язык, а в 1869 г. выпустил их отдельным изданием под названием "Книга Кагала".
Еврейские писатели резко осудили книгу и утверждали, что Брафман воспроизвел кагальные акты в частично искаженном виде, а его переводы во многом были неточными, да и комментарий издателя страдал ошибками и подчас заведомо ложными положениями. Однако русская администрация встретила ее с полным доверием: К.П. Кауфман в беседе с И. Гордоном рассказывал, что несколько десятков экземпляров книги Брафмана были присланы в Туркестан для рассылки в присутственные места, и ее чтение должностными лицами для знакомства с еврейским бытом было обязательным23. Государственные чиновники впоследствии на "Книгу Кагала" ссылались как на свод законов, и она выдержала несколько переизданий.
В 1876 г. Брафман опубликовал статью в полулиберальном "Голосе" с резкими нападками на Общество распространения просвещения между евреями. Особенное место в этих нападках занимала критика деятельности организации Альянс Израэли, которая была представлена в качестве "всесильного и всемирного" органа еврейского самоуправления.
Переиздания "Книги Кагала", дополненные рядом материалов, усиливавших ее антиеврейский пафос, так же как статьи и выступления Брафмана, по признанию всех авторов, писавших о нем, способствовали росту антисемитизма в России (достаточно вспомнить, что Ф.М. Достоевский в 1877 г. выступил с инвективой в "Дневнике писателя" против нахлынувших "всем кагалом" евреев, которые "создали" государство в государстве и "захватили" в свои руки финансовое дело24). Переведенная целиком на французский и польский, а в извлечениях на английский и немецкий, "Книга Кагала" стала подспорьем и для европейских антисемитов.
За заслуги перед правительством, и за участие в Комиссии по всесословной воинской повинности Брафман в 1871 г. был награжден орденом св. Владимира четвертой степени. Он неоднократно получал от правительства "денежные подношения". После смерти Брафмана продолжателем дела "разоблачения еврейской зловредности" стал его сын Александр.
Предисловие к "Книге Кагала" во многом послужило "научной базой" для "ревнителей" из беллетристов (Б. Маркевич, Вс. Крестовский и т.д.) и публицистов (А. Шмаков, С. Нилус и др.). Интересно, что Г. Шварц-Бостунич в 1928 г. отмечал, что "крещеный раввин (у антисемитов всякий выкрест почему-то оказывается обязательно раввином. – С.Д.) Яков Брафман разоблачил часть "жидовских тайн" в знаменитой "Книге Кагала", выпущенной в Петербурге и скупленной жидами"25.
