Через десять дней (конечно, после окончания праздника) тело ребенка, израненное и исколотое, было найдено в болоте. Подозрение пало на двух почтенных граждан города: на купца Берлина и "ратмана городского магистрата " Цетлина. Следствие длилось почти полтора года, и осенью 1824 г. Витебский губернский суд постановил: "Случай смерти солдатского сына предать воле Божьей; всех евреев, на которых гадательно возводилось подозрение в убийстве, оставить свободными от всякого подозрения…"43.
Местное униатское духовенство во главе с митрополитом Иосафом Булгаком (он был родственником О.А. Пржецлавского и был дружен с Друцким-Любецким) опротестовало решение суда, и дело было передано на рассмотрение известному юдофобу генерал-губернатору Белоруссии князю Н.Н. Хованскому (1777-1837); в городе начались аресты, подкупы и оговаривание свидетелей, а к подозреваемым были применены недозволенные методы воздействия, сравнимые со средневековыми пытками.
Взошедший на русский престол император Николай I сурово осуждал и карал русское, подчас изуверское, сектанство, а по аналогии считал, что и среди евреев есть тайные группы, занимающиеся ритуальными убийствами. Поэтому резолюция нового императора оказалась жестокой, хотя и в духе времени: "Так как оное происшествие доказывает, что жиды оказываемую им терпимость их веры употребляют во зло, то в страх и пример другим – жидовские школы (синагоги. – С.Д.) в Велиже запечатать впредь до повеления, не дозволяя служить ни в самих сих школах, ни при них"44. Вместе с тем, на донесении от князя Хованского о неоднократно совершаемых евреями преступлениях (умерщвление детей, осквернение гостии и церковной утвари и т.д.), в октябре 1827 г. Николай I наложил резолюцию от которой веяло скепсисом: "Надо непременно узнать, кто были несчастные сии дети; это должно быть легко, если все это не гнусная ложь"45.
Под влиянием многочисленных жалоб еврейского населения в Петербурге росло недоверие к велижскому навету: было отмечено, что "комиссия, увлеченная своим усердным предубеждением против евреев, действует несколько пристрастно и длит без пользы дело"46. В результате рассмотрением навета занялся Сенат, а исполняющий обязанности товарища министра юстиции граф В.Н. Панин (1801-1874), основываясь только на юридической стороне процесса, убедительно доказал несостоятельность обвинения и потребовал немедленного освобождения невинно арестованных. После доклада В.Н. Панина дело было передано на обсуждение в Государственный совет, и в 1834 г. старейший член высшей инстанции адмирал Н.С. Мордвинов (1754-1845), имевший под Велижем поместья и лично знавший многих из обвиняемых47, заявил, что евреи стали жертвой заговора религиозных и невежественных фанатиков. 80-летний поборник справедливости направил "единственно для доведения до высочайшего сведения" докладную записку с рассуждениями и замечаниями департамента гражданских и духовных дел, председателем которого он являлся. Указав, что навет "обнаруживает одни замыслы оговорить евреев", Н.С. Мордвинов пришел к заключению: "Обвинение евреев в ужасных преступлениях имело источником злобу и предубеждения и было ведено под каким-то сильным влиянием, во всех движениях дела обнаружившимся"48. На заседании Государственного совета большинство его членов приняло точку зрения Мордвинова ("Против евреев предубеждение решительно уже признается достоверным и принимается в основу всего мнения"49), а затем Совет постановил освободить всех евреев и поручил министру внутренних дел подтвердить в губерниях с еврейским населением, что указ 1817 г. (о запрещении ведения дел по ритуальным убийствам) сохраняет свою силу. На этом постановлении Государственного совета 18 января 1835 г. Николай I лаконично отметил: "Быть по сему", однако уведомление губернаторам о запрете ведения подобных дел подписывать отказался на основании своего убеждения о существовании изуверских еврейских сект. Таким образом, через девять лет невинные люди были выпущены на свободу (трое из них скончались в тюрьме, большинство проявило незаурядное мужество во время следствия, в этом смысле героиней оказалась жена купца Берлина – Славка50), синагоги снова были открыты, а полицией возвращены свитки Священного Писания. Памятуя о добром отношении ряда русских государственных деятелей, евреи Велижа ввели в молитву, прославляющую патриархов и пророков, следующую известную формулу: "Be гам Мордвинов зохер ле-тов" ("И Мордвинова также помянем добром")51.