Рис. 1. Крейсер «Варяг» перед морским сражением под Чемульпхо (Инчхоном). 9 февраля 1904 г. японская эскадра в составе шести бронированных крейсеров и восьми миноносцев напала на крейсер «Варяг» и канонерскую лодку «Кореец», стоявшие в порту Чемульпхо (Инчхон) для выполнения задач по охране российской миссии в Сеуле. В результате неравного боя в открытом море перед Чемульпхо «Варяг» потерял 31 моряка убитыми и почти 200 — ранеными (экипаж всего состоял из 18 офицеров и 535 матросов), но отказался сдаваться на милость противника, затопив вместо этого корабль на рейде Чемульпхо («Кореец» был взорван — см. иллюстрацию далее). Героизм «Варяга» был высоко оценен даже противником — в 1907 г. японский император наградил командира крейсера В.Ф. Руднева орденом Восходящего Солнца (который тот принял, но никогда не носил). Боем под Чемульпхо началась русско-японская война, итоги которой стали роковыми для судеб корейской государственности.
9 января 1904 г. по приказу из Петербурга российские войска начали выдвижение на передовые позиции в районе реки Амноккан (Ялуцзян). Стало ясно, что, если стороны не достигнут компромисса в самый последний момент, война неизбежна. В предвидении надвигающегося конфликта Коджон издал 13 января декларацию о нейтралитете Кореи, намереваясь со временем даже сделать ее основой для придания стране постоянного нейтрального статуса под гарантиями держав. Державы, впрочем, не относились слишком серьезно к его заявлениям. Россия, на основе неофициально переданного российскому посланнику в Сеуле А.И.Павлову тайного заверения Коджона в том, что он в случае войны встанет на сторону России, рассматривала его как потенциального союзника. Япония же, в свою очередь, вообще не собиралась считаться с суверенитетом Кореи, рассматривая ее как свой будущий протекторат. Не испросив согласия у корейского правительства, японцы — уже 6 февраля официально разорвавшие дипломатические отношения с Россией — ввели 9 февраля 1904 г. в Сеул свои войска и приступили к оккупации стратегически важных пунктов страны. 10 февраля 1904 г. Япония официально объявила войну России. Коджон, веривший в тот момент в победу России, всерьез готовился просить убежища в миссии союзницы России Франции, но был остановлен жестким протестом английских и американских дипломатов.

Рис. 2. Канонерская лодка «Кореец», взорванная командой для того, чтобы не отдать корабль в руки противника. (Японская почтовая открытка)
Рис. 3. Перенос раненых российских моряков в принадлежавшую миссии англиканской церкви в Корее больницу Св. Михаила в Инчхоне. Другие медицинские учреждения современного типа в городе на тот момент отсутствовали.
Заняв Сеул, японцы сразу начали давить на Коджона, требуя от него дезавуировать его собственную декларацию о нейтралитете, вступить в союз с Японией и тем самым легитимизировать post factum японскую агрессию против Кореи. В условиях, когда Сеул был оккупирован более чем 20 тыс. японских войск, а значительная часть высшего чиновничества встала на открыто прояпонские позиции, Коджон не смог отказаться от навязанного ему японской стороной кабального «Союзного Договора» (подписан 23 февраля 1904 г.). Это соглашение разрешало японцам «давать политические рекомендации корейскому правительству» (т. е. вмешиваться во внутренние дела страны), а также «временно занимать стратегически важные пункты». Соглашение содержало обещание японской стороны «гарантировать спокойствие и благополучие корейского императорского дома».
Коджон, однако, не склонен был доверять японским обещаниям и продолжал посылать эвакуировавшемуся в Шанхай А.И.Павлову тайные письма (одно из них было перехвачено японской агентурой) с жалобами на японский произвол и уверениями в том, что, несмотря на все навязанные японцами соглашения, Корея остается союзницей России. Корейские войска, дислоцированные на северных границах страны, получили тайный приказ ни в коем случае не стрелять в русских, хотя отдельные стычки между казацкими отрядами и корейскими провинциальными частями всё-таки имели место. Вообще, на самой территории Кореи военные действия были относительно незначительны — потери в них российской стороны составили лишь 38 чел. погибшими и убитыми. В российском общественном мнении Корея воспринималась не как противник, но скорее как потенциальный (хотя и весьма слабый) союзник. Россия также осталась последним гарантом независимости Кореи для Коджона и ряда близких ему лиц из его окружения. Попытки Коджона продолжать маневрирование между Японией и Россией с использованием методов тайной дипломатии были, однако, сильно затруднены разгромом пророссийской группировки при дворе. Ее лидер Ли Ёнъик был задержан японскими военными и насильственно вывезен в Японию, в то время как многие из близких ему по взглядам придворных были высланы в провинцию, вынуждены эмигрировать или сменили внешнеполитическую ориентацию. Правительство оказалось в руках про-японской фракции, подчинившей большую часть высшего чиновничества своему влиянию.