30 июня 1737 г. Гаррисон впервые поклонился могущественной Комиссии по долготе. Читаем в официальных записях: «Мистер Джон Гаррисон представил новоизобретенную машину, часовой механизм по природе; при помощи оного он предполагает измерять время в море с большей точностью, чем любым другим инструментом или методом, придуманным до сих пор… и предполагает изготовить другую машину меньших размеров не больше чем за два года, в каковой он попытается исправить некоторые дефекты, которые он обнаружил в той, что уже изготовлена, так чтобы сделать упомянутую машину более совершенной…» Комиссия голосованием решила выделить Гаррисону 500 фунтов стерлингов на частичное покрытие расходов, причем половину следовало выплатить сразу же, а вторую половину – когда вторые часы будут закончены и доставлены в руки одного из капитанов судов его величества.
В № 2 Гаррисон применил кое-какие небольшие механические усовершенствования и сделал на этот раз все шестерни не из дерева, а из латуни. В некоторых отношениях № 2 был даже более неуклюжим, чем № 1. Часы весили 103 фунта, ящик и карданная подвеска – еще 62 фунта. № 2 был закончен в 1739 г., но вместо того, чтобы передать часы в руки капитана, назначенного комиссией, Гаррисон сам в течение двух лет испытывал их в условиях «большой жары и движения». № 2 вообще не был отправлен в море, так как в то время, когда часы были готовы, Англия воевала с Испанией и лорды адмиралтейства не захотели давать испанцам возможность захватить новое изобретение.
В январе 1741 г. Гаррисон написал в Комиссию по долготе, что начал работу над третьими часами; он обещал, что они будут намного лучше предыдущих. Комиссия проголосовала за выделение ему еще 500 фунтов стерлингов. Гаррисон сражался с новой машиной несколько месяцев, но, по-видимому, не сумел верно рассчитать «момент инерции» ее балансов. Он рассчитывал запустить ее к 1 августа 1741 г., а еще через два года представить на морские испытания. Однако через пять лет комиссия узнала, «что в настоящее время дело идет не так хорошо, как Гаррисон ожидал, но он ясно видит, что причина несовершенства лежит в определенной части [балансах], которая, будучи иной формы, нежели соответствующая часть в остальных машинах, никогда прежде не испытывалась». Гаррисон ввел в детали № 3 несколько усовершенствований и применил те же антифрикционные устройства, как и в № 2, но часы по-прежнему были очень громоздкими, а их детали далеки от изящества; машина весила 66 фунтов, а ее ящик и кардан – еще 35.
Гаррисон вновь пребывал в нужде, несмотря на то что комиссия выдала ему уже несколько авансов, помогая свести концы с концами; в 1746 г., представляя № 3, он выложил перед комиссией внушительное рекомендательное письмо, подписанное двенадцатью членами Королевского общества, включая его президента, Мартина Фолкса, Брадлея, Грэхема, Галлея и Кавендиша. В письме говорилось о важности и практическом значении его изобретений для решения проблемы определения долготы. Вероятно, письмо должно было обеспечить финансовую поддержку со стороны Комиссии по долготе. Однако комиссия не нуждалась в напоминаниях. Всего через три года, по собственной инициативе, она удостоила Гаррисона медали Копли – своей высшей награды. Его скромность, упорство и мастерство заставили членов комиссии забыть, по крайней мере на время, полное отсутствие у него академического образования, столь ценимого этим достойным органом.
Гаррисон пришел к убеждению, что не сможет довести № 3 до совершенства; еще до испытаний нового хронометра в море он решил начать работу над двумя следующими приборами. Один из них мастер предполагал сделать карманного размера, другой – чуть больше. Комиссия одобрила его намерения, и Гаррисон приступил к работе. Оставив мысль о карманном хронометре, он решил сосредоточить усилия на часах немного большего размера, к которым можно было приспособить изобретенный им сложный механизм, не жертвуя при этом точностью. В 1757 г. он начал работать над № 4 – прибором, который «по соображениям равно красоты, точности и исторического значения должен по праву занимать почетное место самого знаменитого хронометра, который когда-либо был или будет изготовлен». Работа над ним была закончена в 1759 г.