В мае 1905 года партия направляет Михаила в Иваново-Вознесенск – город, где возник первый в империи Совет рабочих депутатов. В конце 1905 года во главе боевой дружины иваново-вознесенских и шуйских рабочих Фрунзе участвовал в Декабрьском вооруженном восстании в Москве. В 1906 году он был делегатом IV съезда РСДРП в Стокгольме, где познакомился с Лениным.
В марте 1907-го его вместе с Павлом Гусевым арестовали за то, что они пытались убить урядника конно-полицейской стражи Никиту Перлова.
Следствием было установлено, что 21 февраля 1907 года в половине шестого вечера, в городе Шуе Владимирской губернии недалеко от земской больницы в конного урядника Перлова было произведено несколько револьверных выстрелов. Полицейский чин не пострадал и вступил с нападавшими в перестрелку. Одного из них Перлов сразу же опознал – это был хорошо знакомый ему революционер Павел Гусев. А вот насчет второго стрелявшего урядник сомневался. Но нашелся очевидец – не кий крестьянин по фамилии Быков в ходе следствия опознал в стрелявшем Фрунзе. Однако Фрунзе утверждал, что у него есть алиби – он заявил, что с 20-го по 22 февраля 1907 года его вообще в Шуе не было и что все эти дни он находился в дачной местности Химки.
О том, как появилось это алиби, рассказывал в своих воспоминаниях один из соратников Михаила Васильевича П. Н. Караваев: «Фрунзе и Гусеву было предъявлено обвинение в покушении на должностное лицо при исполнении им служебных обязанностей в местности, состоящей под особым надзором. Дело поступило в военный суд. Над Фрунзе нависла угроза смертной казни… Узнав об опасности, которой подверглась жизнь Михаила Васильевича, его партийные товарищи на воле и родственники стали принимать экстренные меры. Под Москвой был найден… врач Иванов, который согласился подтвердить на суде, что в день покушения на Перлова Фрунзе был у него на приеме, о чем-де свидетельствует запись в книге посетителей. Одновременно оставшиеся на свободе боевики явились к Быкову и заявили, что, если он не откажется от своего показания у следователя, они расправятся с ним, как с предателем. В результате Быков подал заявление, в котором отрицал ранее данные им показания об участии М. В. Фрунзе в покушении на урядника Перлова».
Однако приговор, оглашенный 27 января 1909 года, все же гласил: «Подсудимых Павла Гусева и Михаила Фрунзе лишить всех прав состояния и подвергнуть каждого смертной казни через повешение». Так Михаил Фрунзе получил свой первый приговор.
Подсудимые и их адвокаты с приговором не смирились и направили в Главный военный суд кассационные жалобы, в которых указали на допущенные судом процессуальные нарушения. Дело Фрунзе и Гусева снова поступило на рассмотрение в Московский окружной военный суд, но уже в новом составе судей.
Тем временем подходило к концу следствие по второму делу, в котором в качестве обвиняемого фигурировал Михаил Фрунзе. 38 революционеров обвинялись в создании «…сообщества, заведомо поставившего целью своей деятельности ниспровержение путем вооруженного народного восстания существующего в России, основными законами установленного образа правления и замену его демократической республикой». На этот раз тактика Фрунзе и его защитников была иной – поскольку смертная казнь по этому делу подсудимому не грозила, он, не скрывая своей принадлежности к большевикам, использовал зал суда как трибуну для пропаганды революционных идей. В итоге Михаила, как и большинство других обвиняемых (некоторые, впрочем, были судом оправданы), приговорили к 4 годам каторжных работ. Однако на каторгу Фрунзе так и не отправили, поскольку не было закончено разбирательство по первому делу о нападении на урядника.
Новое заседание Московского окружного суда под председательством генерал-майора Кошелева началось 22 сентября 1910 года. Крестьянин окончательно запутался в своих показаниях по поводу того, кто именно стрелял в урядника Перлова, вызванный же в суд врач Иванов подтвердил «алиби» Фрунзе. Однако показания Иванова и других свидетелей были признаны недостоверными, и уже на второй день рассмотрения этого дела Фрунзе и Гусев во второй раз были приговорены к смертной казни.
