Вторую группу составляет делопроизводственная документация научно-образовательных учреждений Сибири и их структурных подразделений, а также их партийных комитетов и первичных партийных организаций ВКП(б) – КПСС. К этим учреждениям относятся сибирские вузы (университеты, педагогические и учительские институты), научные учреждения (общесибирские и региональные институты, такие как Институт истории, филологии и философии СО АН СССР, Западно-Сибирский и Восточно-Сибирский отделы Русского географического общества, комплексные научно-исследовательские институты языка, литературы, истории национальных субъектов Сибири) и их структурные подразделения (факультеты, кафедры, отделения, проблемные лаборатории, отделы, музеи и т. д.).
Это наиболее крупная по объему и по фактическому информативному потенциалу группа из всех представленных архивных документов и материалов. В нее входит массив делопроизводственной документации, которая сопровождает весь образовательный и научный процесс в вузах и научных учреждениях. Сюда же включены протоколы общих и закрытых собраний, отчеты, справки, характеристики на членов ВКП(б) – КПСС и прочая документация, связанная с деятельностью партийных комитетов и первичных партийных организаций, которые действовали в непосредственном контакте с самими историками (профессорско-преподавательским составом, научными сотрудниками и студентами).
Эта группа источников представляет собой существенный массив фактологического материала, привлеченного исследователем для восстановления содержательной картины большинства основных процессов, происходивших в высшей школе и научных учреждениях Сибири. Документы этой группы источников характеризуются подробностью изложения и повествования, позволяют восстановить многие события вплоть до мельчайших деталей. Особенно ценны материалы партийных организаций, которые, неся, разумеется, идеологический и политический подтекст, тем не менее досконально раскрывают суть происходящих явлений в образовательной и научной жизни, разбирают персональные дела с точки зрения не только личностных качеств, но и профессиональных. Наиболее насыщены подробностями, оценочными характеристиками и иными важными и интереснейшими аспектами внутренней жизни вузов и их структурных подразделений документы наиболее острых и трагических периодов (вторая половина 1930-х гг. и первое послевоенное десятилетие периода идеологических кампаний).
Третью группу составляют материалы и документы общественных организаций, объединений и школ партийного просвещения сибирских регионов. Напрямую эти структуры не относились к научно-образовательному комплексу регионов, однако выполняли важные социальные и политико-идеологические функции. В их деятельности самое активное участие принимали историки, зачастую входя в руководящие органы этих структур. К ним относятся, к примеру, Томский комитет ученых по содействию промышленности, транспорту и сельскому хозяйству в военное время, действовавший в годы Великой Отечественной войны, областные и краевые высшие партийные школы и университеты марксизма-ленинизма при региональных партийных комитетах и др.
Материалы данной группы источников открывают для исследователя возможность взглянуть на деятельность историков вне их академической и педагогической среды. С одной стороны, это общественная составляющая жизни провинциальных историков, а с другой – именно историки формировали значительную часть этих организаций и учреждений. В большинстве своем они определяли научно-просветительскую повестку и направления деятельности. Благодаря анализу этих документов выстраивается картина их взаимоотношений с региональным и локальным социумом.
Четвертую группу документальных источников составляют личные фонды сибирских историков – виднейших представителей научно-педагогического сообщества региона, организаторов высшего исторического образования и исторической науки Сибири. Например, фонды З. Я. Бояршиновой (ГАТО. Ф. Р-1863), И. М. Разгона (ГАТО. Ф. Р-1838); Ф. А. Кудрявцева (ГАИО. Ф. Р-2698), М. А. Гудошникова (ГАИО. Ф. Р-2703); М. И. Рижского (ГАНО. Ф. Р-2124), З. Г. Карпенко (ГАКО. Ф. Р-1261); В. А. Данилова (ГАТюмО. Ф. Р-2334); М. Б. Шейнфельда (ГАКК. Ф. Р-2378) и др.