После того как в середине IX века тибетцы покинули Восточный Туркестан, Хотан стал независимым государством и буддизм в нем продолжал развиваться. Местный тюркский народ основал вокруг Кашгара Караханидское государство, которое изначально включало Кашгар, а также восточные Киргизию и Казахстан. Некоторые ученые считают, что этот тюркский народ был еще одной ветвью монгольских уйгуров, также переселившихся на эту территорию. На протяжении столетия караханиды следовали смеси кашгарского буддизма и шаманизма.
Караханиды раньше других стали мусульманами, и это произошло в конце X столетия. После долгой войны они нанесли поражение Хотану в середине XII столетия и обратили Хотан в ислам. В этих войнах тибетские войска сражались на стороне своих собратьев – буддистов Хотана. Как бы там ни было, уйгуры из Кочо продолжали оставаться буддистами. В период правления Чингиз-хана они не только дали монголам свою письменность, заимствованную ими у согдийцев, но были первыми, кто познакомил монголов с буддизмом. Когда позже монголы переняли тибетский буддизм, его также переняли и уйгуры. Ислам пришел к уйгурам где-то между XIV и XVII столетиями, медленно распространяясь с запада на восток.
Джунгары поддерживали тибетский буддизм в северной части Восточного Туркестана и в восточной части Казахстана с конца XVI столетия, до того как потерпели поражение и были практически полностью истреблены манчжурами в середине XVIII столетия. Калмыки откололись от джунгаров в начале XVII века, отправившись в район Волги, в европейскую часть России. Часть их вернулась в Восточный Туркестан в конце XIII века, где с тех пор живет и следует тибетскому буддизму. Тем не менее, до нахлынувшего в наши дни потока китайских переселенцев народностей хань и хуэй, подавляющее большинство жителей Восточного Туркестана составляли уйгуры, исповедующие ислам.
[Подробнее см.: Историческое взаимодействие буддийской и исламской культур до возникновения Монгольской империи.]
