После того как из-за необходимости уделять внимание более насущным проблемам Аббасиды отступили из Кабула и Гилгита, тибетцы и тюркские шахи восстановили свои прежние владения. Несмотря на вынужденное обращение лидеров этих земель в ислам, Аббасиды не подвергали гонениям буддизм на этих территориях. На самом деле, арабы поддерживали торговые отношения с тибетцами на протяжении всего этого периода.
Следующим исламским генералом, объявившим независимость, был аль-Саффар. В 861 году его преемник основал в юго-восточном Иране династию Саффаридов. Получив контроль над оставшейся частью Ирана, Саффариды в 870 году вторглись в Кабульскую долину. Под угрозой неминуемого поражения, последний буддистский правитель тюркских шахов был свергнут своим министром-брахманом Калларом. Оставив Кабул и Нагарахару Саффаридам, Каллар основал династию индуистских шахов в пенджабской части Гандхары.
Саффариды были очень злопамятными захватчиками. Они грабили буддийские монастыри Кабульской долины и Бамиана и отсылали статуи «будд-идолов» халифу в качестве военных трофеев. Эта грубая военная оккупация была первым серьезным ударом по буддизму в Кабульском регионе. Предыдущее поражение и обращение в ислам Кабул Шаха в 815 году имело лишь незначительные последствия на общее состояние буддизма в регионе.
Далее Саффариды продолжили свой поход, завоевывая и разрушая, на север, захватив в 873 году Бактрию у Тахиридов. Тем не менее, в 879 году индуистские шахи отвоевали Кабул и Нагарахару. Они продолжили политику поддержки индуизма и буддизма среди своего народа, и вскоре буддийские монастыри восстановили былое богатство.
Династии Саманидов, Газневидов и Сельджуков
Следующим провозгласил независимость Исмаил бин Ахмад, персидский правитель Согдианы. В 892 году он основал династию Саманидов, а в 903 году отвоевал Бактрию у Саффаридов. Саманиды способствовали возвращению традиционной иранской культуры, но оставались терпимыми к буддизму. Так, например, в период правления Насра II (годы правления 913 – 942) в саманидской столице Бухаре продолжали изготавливаться и продаваться резные изображения Будды. Их не запрещали как «будд-идолов».
В своих владениях Саманиды поработили тюркские племена и мобилизовали их на военную службу в армию. Если солдаты принимали ислам, им даровали условную свободу. Тем не менее, Саманидам сложно было поддерживать контроль над этими людьми. В 962 году Алп-тегин, один из тюркских военачальников, принявших ислам, захватил Газну (современный Газни), которая находится к югу от Кабула. В 976 году его преемник Себук-тегин (годы правления 976 – 997) основал там империю Газневидов в качестве вассала Аббасидов. Вскоре он отвоевал Кабульскую долину у индуистских шахов, оттеснив их назад в Гандхару.
Буддизм процветал в Кабульской долине, находившейся под управлением индуистских шахов. Асади Туси, в своей поэме «Гершасп-наме», написанной в 1048 году, описал роскошь главного монастыря Кабульской долины Субахара (Су Вихара), имевшую место во время захвата Газневидами Кабула. Из этого можно сделать вывод, что Газневиды не разрушили этот монастырь.
В 999 году следующий правитель династии Газневидов Махмуд Газневи (годы правления 998 – 1030) сверг Саманидов с помощью находящихся у них на военной службе тюркских рабов-солдатов. Империя Газневидов теперь включала Бактрию и юг Согдианы. Кроме того Махмуд Газневи захватил большую часть Ирана. Он продолжил политику Саманидов, заключающуюся в поддержке персидской культуры и в терпимости к немусульманским религиям. Аль-Бируни, персидский ученый и писатель, находящийся на службе при дворе Газневидов, писал о том, что на рубеже тысячелетий буддийские монастыри в Бактрии, включая монастырь Нава Вихара, все еще действовали.
Как бы там ни было, Махмуд Газневи был нетерпим ко всем исламским школам, кроме поддерживаемых им ортодоксальных суннитов. Его нападения на Мултан в северном Синде в 1005 и в 1010 годах были походами против пользующейся государственной поддержкой школы исмаилитов шиитской ветви ислама, которой также покровительствовали Саманиды. Исмаилистская династия Фатимидов (910 – 1171 годы) с центром в Египте с 969 года являлась главным конкурентом для суннитов династии Аббасидов в господстве в исламском мире. Махмуд также намеревался завершить изгнание индуистских шахов, начатое его отцом. Поэтому он напал и изгнал индуистских шахов из Гандхары, а затем из Гандхары отправился дальше, чтобы захватить Мултан.