По новому проекту собор предполагалось оформить четырьмя колонными портиками, тогда как в проекте 1818 года они намечались лишь с южной и северной сторон. Центр подчеркивался подкупольным квадратом, образованным четырьмя новыми опорными пилонами, поставленными шире остальных. Благодаря этому главный купол, опирающийся на них, четко вписывался в квадрат пилонов и исключалось его провисание. Квадратное построение усиливалось постановкой по углам основного объема колоколен, как бы врезанных в стены и расположенных ближе к центральному куполу, чем в первом варианте проекта.
В новом варианте предусматривалось сохранить лишь очень небольшую часть старой ринальдиевской церкви: алтарные стены, фундамент и два восточных пилона. Принципиально новым было и решение фасада, неузнаваемо изменившее весь облик собора. Монферран применил принцип пирамидальности, заимствовав его из проектов Стасова и Михайлова. Таким образом, в новом проекте были учтены все основные замечания и пожелания комитета.
3 апреля 1825 года был утвержден новый проект Монферрана. Вслед за этим начинается новый этап в строительстве собора.
* * *
Строительство Исаакиевского собора проходило в годы жесточайшей реакции, которая особенно усилилась после разгрома восстания декабристов. В стране свирепствовал полицейский террор. Вся деятельность III отделения и корпуса жандармов, учрежденных Николаем I, была направлена на искоренение освободительных идей и сохранение крепостнического государства.
Надежным оплотом самодержавия было православие, поэтому сооружение Исаакиевского собора было задумано царским правительством как акция, направленная на упрочение могущества русского царизма и православной церкви. Не случайно Александр I и еще более Николай I уделяли столько внимания его проектированию и строительству.
Кроме обычного административного аппарата управления, была создана целая система специального контроля во главе с царем и Синодом. Все детали проекта, чертежи, частные вопросы строительства и художественного оформления здания проходили многочисленные инстанции. Главными и окончательными арбитрами были император и святейший Синод. Последний производил подбор надписей и сюжетов для произведений живописи и скульптуры, украшавших собор, определял их размещение внутри и снаружи. Николай I, считавший себя компетентным в вопросах искусства, часто вмешивался в ход работ и делал распоряжения, мешавшие творческим замыслам архитекторов, художников, скульпторов.
Официальным органом, на который возлагалось руководство всеми работами, была комиссия по строительству Исаакиевского собора, учрежденная Александром I еще в 1818 году. Специальный царский рескрипт гласил: «Предложив произвести окончательную перестройку Исаакиевского собора с приличным оному благолепием и утвердив план таковой перестройки по проекту архитектора Монферрана… признаю нужным главное попечение о совершении оной возложить на особенную комиссию…».
В комиссию вошли лица, занимавшие высокое положение в государстве. Должности считались почетными и сохранялись пожизненно. Председателем комиссии был член Государственного совета граф Н. Н. Головин, членами - министр внутренних дел О. П. Козодавлев и министр духовных дел и народного просвещения князь А. Н. Голицын. Сам факт введения в комиссию таких сановников подчеркивал значение, которое придавалось царским правительством строительству собора.
Членом комиссии был и инженер-механик А. Бетанкур. Испанец по национальности, он получил образование в Париже и был одним из виднейших ученых своей эпохи. Уже будучи широко известным в Европе, он в 1808 году был приглашен на службу в Россию, где провел последние шестнадцать лет жизни и написал несколько научных работ. Под его руководством велось строительство заводов, гидротехнических сооружений, а в 1810 году при непосредственном участии А. Бетанкура был основан Петербургский институт инженеров путей сообщения. Он же стал и первым его директором. В период строительства Исаакиевского собора Бетанкур в значительной мере помог Монферрану своими советами инженера и ученого.
