Посылая свой Продромос Галилею в Падую, Кеплер писал ему в 1597 году: «Будьте увереннее и продолжайте ваше дело. Если Италия не удобна для издания ваших сочинений и вы предполагаете встретить там препятствия к этому, то, может быть, Германия даст нам необходимую для этого свободу». Но оказалось, к несчастию, что он смотрел на свое отечество слишком оптимистически, потому что на второй год после этого ему самому пришлось подвергнуться гонению, а впоследствии защищать свою мать от обвинения в колдовстве в самом сердце свободомыслящего протестантства – в Вюртемберге.
После эрцгерцога Карла Штирия перешла к Фердинанду, более ревностному католику, чем его предшественник. Он объявил генералиссимусом своих войск святую Деву и дал обет искоренить ересь в своих владениях, изгнав для этого всех протестантов. В июле 1598 года Кеплер пишет Мэстлину, что прибытия принца ждут в Штирии с ужасом, а в декабре сообщает, что протестанты раздразнили католиков своими нападками на них с церковных кафедр и карикатурами. После этого запрещено было протестантское богослужение, и принц отменил грамоту, пожалованную его отцом протестантам, повелев под страхом смерти всем исповедующим евангелическое вероучение оставить его государство.
Кеплер, несмотря на заступничество со стороны ученых иезуитов, выпросивших ему отсрочку, чтобы распорядиться имуществом жены, должен был бежать в Венгрию. Здесь среди больших лишений он пробыл почти целый год. Тщетно один из сановников, Герварт, советовал ему согласиться войти в какую-нибудь сделку с господствовавшим направлением в политике; Кеплер не считал это возможным и без всякой заносчивости и высокомерия отвечал на это простыми словами: «Я принадлежу к Аугсбургскому исповеданию вследствие обстоятельного разбора этого учения, а равно и потому, что к нему же принадлежали мои родители. За эту веру я пострадал, и притворяться не способен. Религия для меня дело важное, и я не могу относиться к ней легко». В Венгрии, несмотря на крайне неблагоприятные для занятий обстоятельства, Кеплер продолжает работать и писать; за это время он написал несколько небольших сочинений: «О магните», «О причинах изменения положения эклиптики», «О премудрости Божией, проявляющейся в его творениях», – и переслал их в Тюбинген другу своему Центмайеру.
В 1599 году, когда волнения несколько улеглись, правительство вновь вызвало Кеплера в Грец, где его приняли на условиях вести себя как можно благоразумнее и сдержаннее. Тем не менее, ему пришлось прожить в Греце очень недолго; положение его в Штирии сделалось скоро невыносимым, и он решил вернуться в свое отечество Вюртемберг, чтоб искать там места. В это время Кеплер получил новое приглашение от Тихо Браге, принужденного теперь также бросить свой Уранибург и искать убежища в Германии. На этот раз Кеплер поехал (6 января) повидаться со знаменитым астрономом. Свидание произошло в замке Бенах 5 февраля 1600 года. Тихо принял Кеплера весьма радушно, и они условились устроить дело таким образом, что Кеплер будет назначен помощником Тихо по должности астронома при дворе германского императора с жалованьем 100 гульденов в год, причем место в Греце останется за ним, – а он возьмет отпуск на два года. Но этому плану не было суждено исполниться. По возвращении в Грец, в июне того же года, Кеплер написал циркулярное письмо к своим единоверцам, утешая их в несчастиях и внушая им мужество, так как гонения на протестантов еще продолжались. Это сочтено было за нарушение условий, на которых Кеплера терпели в Греце, и он вновь принужден был бежать отсюда. Неизвестно с достоверностью, был ли Кеплер изгнан из города, или покинул его добровольно, боясь последствий дальнейшего пребывания здесь, но, во всяком случае, покинуть место его заставила крайняя необходимость. Дом и имущество пришлось бросить, и Кеплер с семьею очутился совершенно без всяких средств к жизни. Полагая, что изгнание его из Греца помешает ему занять также место при Тихо Браге, он обратился к покровительству герцога Вюртембергского, прося дать ему кафедру медицины в Тюбингене, и в то же время написал Мэстлину, умоляя его похлопотать за него. «Умоляю Вас, – пишет он герцогу, – если есть какая-нибудь вакансия в Тюбингене, похлопочите, чтоб я мог занять ее. Напишите мне также, какие цены на хлеб, вино и съестные припасы, потому что жена моя не привыкла питаться чечевичной похлебкой».
