Несмотря на столь сильные потери, понесенные гарнизоном, Гордон считал, что дело еще далеко не проиграно — ведь совсем рядом находилась армия князя Ромодановского, у которого под началом состояло 70 тысяч ратников да 40 тысяч казаков. Достаточно было поддержать гарнизон подкреплением тысяч в пять сабель и попробовать атаковать турецкий лагерь извне… Он даже приказал слугам в тот вечер сервировать стол серебряным сервизом, однако отужинать ему не удалось — вместо подкрепления из лагеря Ромодановского пришел приказ отступать. Тем временем турки усилили натиск, и генералу Гордону пришлось бросить и сервиз, и доспехи, и коней, и вообще все имущество — прихватив только дорожную сумку и личное оружие, генерал вместе с подчиненными пробивался к своим через гущу противника с палашом и пистолетом в руках.
Напоследок шотландец приготовил противнику неприятный сюрприз: уходя последним из замка, генерал Гордон подпалил фитиль бомбы в пороховом погребе и за спинами отступавших русских грянул взрыв колоссальной силы. Подрыв пороховых складов причинил турецкой армии едва ли не самый большой урон в той кампании — называется неправдоподобная цифра: якобы разлетевшиеся обломки убили около 4 тысяч турецких и татарских воинов. Несмотря на героическую оборону и этот последний удар, нанесенный по туркам, с потерей Чигирина кампанию можно было считать проигранной, но война продолжалась, и Гордон принял в ней самое активное участие.
В апреле 1681 года лондонская газета, ссылаясь на полученные из Москвы известия, сообщала, что в феврале в русскую столицу прибыл сэр Патрик Гордон, «чьи долговременные и выдающиеся заслуги во многих случаях стяжали ему милость царя, который даровал ему чин генерал-майора и доверил ему управление воинскими делами в Киеве». Далее сообщалось, что сэр Патрик немедленно по получении этого назначения отбыл из Москвы в Киев, чтобы принять должность.
К тому времени война уже закончилась подписанием в январе 1681 года мирного договора: в столице крымского ханства Бахчисарае представители Турции, Крымского ханства и России заключили договор на 20 лет.
Граница устанавливалась по Днепру; Левобережная Украина с Киевом и округой, а также Запорожье переходили под власть русской державы. Территория между Днепром и Бугом объявлялась нейтральной — там ни одна из сторон не имела права строить укрепления. Кроме того, Москва обязывалась платить Крыму ежегодную дань. С Чигирином и влиянием на правом берегу Днепра русским пришлось надолго попрощаться.
Немудрено, что за сочинение записки об обороне Чигирина Гордон засел, исполненный далеко не самых радостных воспоминаний. В своем сочинении он без особенных прикрас обрисовал стратегическую ситуацию и обвинил в неудаче нерешительного князя Григория Ромодановского. Впрочем, Ромодановский ответить ему уже не мог: во время мятежа стрельцы зверски растерзали его, сначала подняв на копья, а потом изрубив саблями.
Записка Гордона очень не понравилась князю Василию Васильевичу, который в его обвинениях усмотрел и намек на свою персону. Разгневавшись, князь распорядился лишить дерзкого шотландца генеральского чина и разжаловать его в прапорщики. И хотя опала с Гордона вскоре была снята и генеральское звание ему возвратили, осадок недовольства остался. Не таков был Стальное Запястье, чтобы прощать подобные обиды. Возможно, именно это потом так дорого обошлось фавориту и его патронессе царевне Софье, но в 1683 году о таких последствиях, понятное дело, никто и думать не мог.
В начале 1687 года Гордон получил под свою команду Бутырский полк, расквартированный в Москве, и 3 февраля вывел его на смотр пред очи юного царя Петра. Бывалый командир бутырцев совершенно очаровал юношу, живо интересовавшегося военным делом. Заочно царь Гордона уже, конечно, знал; у них были общие знакомые — еще при жизни Алексея Михайловича Петру в воспитатели среди других учителей был дан старый приятель Патрика Гордона — Павел Менезий. При регентстве Софьи Менезия от воспитания царевича отставили, услав служить в Смоленск, но юноша не забыл генерала; знакомство с его боевым товарищем только укрепило симпатии молодого человека по отношению к офицерам-иноземцам, столь ревностно служившим еще его отцу как на бранном поле, так и по дипломатической части.