Днем 30 июля 1944 года катер МО-105 стоял на якоре на линии дозора к северу от Бьеркезунда. В 12.43 в средней части корпуса катера раздался взрыв, МО-105 переломился пополам и затонул. Вскоре к месту катастрофы подошел сторожевой катер МО-103. Подобрав из воды семь выживших членов экипажа погибшего катера, МО-103 произвел противолодочный поиск, но ничего не обнаружил и остался на линии дозора.
Вечером с одного из катеров, прикрывавшего работавшие в этом районе катера-тральщики, обнаружили под водой на небольшой глубине рубку подводной лодки, и немедленно сигнальными ракетами и сиреной вызвали сторожевой катер. В 19.15 МО-103, установив гидроакустический контакт с подводной лодкой, произвел атаку глубинными бомбами, после чего над водой наблюдался движущийся пузырчатый след. МО-103 повторил атаку, ставшей гибелью подводной лодки U250: на поверхности воды появились различные предметы, а среди них шесть человек, сумевших покинуть гибнущую подводную лодку через рубочный люк. Среди спасенных подводников был командир U250, штурман, второй штурман, младший старшина, санитар и матрос.
Практически сразу после этого было принято решение о подъеме U250, после чего группа специалистов Аварийно-Спасательной Службы Балтийского флота приступила к работе. Подводная лодка лежала на скалистой отмели, на глубине тридцать три метра. Судоподъемные работы производились ночью, так как противник всячески препятствовал работе водолазов, обстреливая место гибели подводной лодки с юго-западного берега Выборгского залива.
В ночь на 1 сентября Kriegsmarine предприняла еще одну попытку уничтожить корпус подводной лодки глубинными бомбами, но, потеряв на мине торпедный катер S80, вскоре отказалась от этой затеи. 14 сентября 1944 года U250 была поднята, отбуксирована в Кронштадт и поставлена в ДОК.
В ходе осмотра отсеков подводной лодки, на ней, кроме различных судовых документов, шифров, кодов, была обнаружена шифровальная машинка «Энигма-М», а также новейшие самонаводящиеся акустические торпеды Т-5 с эксплутационными инструкциями.
Кроме того, в ходе допроса пленных была получена информация об организации деятельности немецких подводных лодок и системе подготовки подводников. После того, как торпеды были извлечены из подводной лодки и подняты на стенку ДОКа, началось их доскональное
Сама подводная лодка тоже представляла для советского командования немалый интерес. Принадлежа к VIIC серии, она была представительницей самого распространенного типа подводных лодок за всю историю мирового подводного кораблестроения (всего Германия построила более семисот подводных лодок этого типа). Эти подводные лодки составляли основу подводного флота Германии и большинство немецких асов-подводников добились своих успехов именно на подводных лодках тип VIIC.
6 ноября 1944 года приказом Наркома ВМФ была создана комиссия под председательством капитана 1 ранга М.А.Рудницкого, на которую была возложена работа по изучению U250. Советскую сторону интересовали как вопросы внедрения в СССР германского опыта подводного кораблестроения, так и особенности бытовых условий команды подводной лодки.
Еще в 1942 году ЦКБ-18 начало разработку подводной лодки проекта 608, элементы которой были близки к германским подводным лодкам VII серии. После того как U250 была поднята, Нарком ВМФ СССР Н.Г.Кузнецов принял решение приостановить работы по проекту до изучения трофея. В 1945 году, когда советские специалисты смогли ознакомиться с новейшими германскими подводными лодками XXI и XXIII серий, работы над проектом были окончательно прекращены. Вскоре ЦКБ-18 занялось разработкой чертежей подводных лодок проекта 613.
U250 вошла в состав ВМФ СССР под обозначением ТС-14 (трофейная средняя) 20 апреля 1945 года, но в строй она так и не вошла, и уже через четыре месяца ее исключили из списков и сдали на разборку.
20 августа 1944 года войска 2-го и 3-го Украинских фронтов начали Яссо – Кишиневскую операцию. В этот же день авиация Черноморского флота подвергла массированной бомбардировке Военно-морскую базу Констанца, где базировались немецкие и румынские подводные лодки. 29 августа советским морякам представилась картина результатов налета на Констанцу. Из находившихся в порту подводных лодок, U9 получила прямое попадание и затонула прямо у пирса, подводные лодки U18 и U24 также были тяжело повреждены, и когда части Красной Армии вошли в город были затоплены на внешнем рейде Констанцы. Не избежали повреждений бывшие итальянские, а теперь находившиеся под румынским контролем сверхмалые подводные лодки СВ-4 и СВ-6.