После этого протестанты тысячами хлынули прочь из страны, отток населения был таким сильным, что торговля во Франции пришла в полнейший упадок. Среди бежавших было множество хороших — даже лучших — ремесленников, и они, покидая Францию, с готовностью предоставляли свои услуги Англии, Дании, Голландии…
Тем не менее французское духовенство ликовало, осыпая Людовика XIV похвалами и благодарностями. Франция очищалась от протестантской ереси, и вместе с тем окончательно отмирала надобность в инквизиции, которая и в ушедшем XVII веке проявляла себя довольно редко и лишь тогда, когда это нужно было правительству.
Упадок Святой Официум ощущал и в других странах, но во Франции его закат начался раньше — в конце XV столетия.
В начале XVIII века в странах Европы еще вспыхивали единичные инквизиционные преследования, объектами которых становились чаще всего умалишенные или фанатики, объявлявшие себя возрожденным Иисусом Христом перед «близящимся концом света». Но костры, на которых их сжигали, горели по большей части в Португалии. Во Франции же все чаще раздавались голоса, призывавшие упразднить инквизицию в принципе. Причем борьба велась уже не против инквизиции как таковой, ибо Франция в XVIII веке была знакома лишь с ее призраком, а против всего старого строя жизни, частью и символом которого был Святой Официум.
Прокатившаяся по Португалии волна реформ деятеля «просвещенного абсолютизма» Себастьяна Жозе де Помбала встретила во Франции народный отклик. «Помбал проявил себя как талантливый и смелый реформатор. Он ограничил власть церковников, поставил деятельность инквизиции под контроль правительства, всемерно способствовал развитию промышленности, осуществил реформу просвещения, помогал развитию наук» (И. Р. Григулевич). Помбал использовал методы, которыми обыкновенно пользовалась инквизиция, против нее самой. И хотя он не упразднил ее полностью, своими реформами и своей политикой он почти свел ее деятельность в Португалии к нулю.
К моменту, когда Помбал в 1777 году был отправлен в отставку, Франция уже стремительно шла к своей великой Революции.
Создатель французской тайной полиции Эжен Франсуа Видок, описывая события конца XVIII — начала XIX века, говорит о том, что хотя попасть в тюрьму во Франции времен Революции было проще, чем добыть себе пропитание, никого уже не наказывали за преступления религиозного характера.
В июле 1791 года, спустя два года после начала Великой французской революции, был принят закон, согласно которому всех «одержимых бесами» следовало отправлять на лечение.
Так официально была поставлена точка в истории инквизиции во Франции.
