Учеником Агриппы был Иоган Вейер, придворный врач герцога Вильгельма IV в Дюссельдорфе, который под покровительством герцога и при его содействии энергично боролся против инквизиторов и преследования ведьм. В 1563 году вышла его книга о ведьмах и процессах инквизиции против них, выдержавшая в короткое время шесть изданий и приобретшая большую популярность. Вейер смело выступает против бесчеловечного преследования ведьм и доказывает несправедливость этих обвинений и абсурдность приемов, практикуемых в процессах. Но Вейер все-таки не отрицает существовании дьявола и возможности причинения им вреда людям. Он старается только очистить это верование от грубых представлений своих современников о непосредственных телесных сношениях между дьяволом и человеком, объясняя многое из обвинений ведьм естественными причинами; вместе с тем, он призывает палачей-инквизиторов к состраданию и человечности.
По мнению Вейера, «ведьмы — это большею частью слабые, старые, не вполне разумные женщины, которыми, когда они отягчены горем или недомоганием, овладевает бестелесный дух или дьявол, который путем ослепления и наваждения так сильно внушает им, что они причинили людям всякого рода несчастия, вред и порчу, что они начинают верить в действительность всего этого, между тем как они совершенно невинны». Вейер считает все случаи колдовства результатом фантазий и объясняет галлюцинациями, которые насылает на «ведьму» дьявола, помимо ее воли.
Поэтому Вейер считает преследование ведьм несправедливостью и в предисловии к своему трактату обращается с горячим воззванием к государям Европы, чтобы они остановили пролитие невинной крови. «Безумные, бедные женщины, говорить Вейер, одержимые злым духом, которых без пощады бросают в темную мрачную тюрьму, мучают под пытками, осуждают на смерть и сжигают на костре, оказываются виновными единственно на том основании, что они сознались в своих мнимых преступлениях. Только этим порядком судопроизводства объясняется то, что многие несчастные предпочитают один раз умереть в огне, чем много раз переносить бесчеловечные пытки. И бессердечные судьи и палачи не хотят понимать, что часто проливается невинная кровь и что несчастные себя обвиняют только благодаря ужасным мучениям пытки. Ибо если какая либо из них не сознается и испускает дух под страшными пытками или решается в отчаянии на самоубийство в тюрьме, то судьи объясняют это тем, что дьявол свернул им шею, для того чтобы помешать им признаться и подвергнуться публичной казни».
Книга Вейера произвела сильное впечатление, она была запрещена католической церковью, а сам медик обвинен в колдовстве и принужден был бежать из Дюссельдорфа в Мекленбург, где он нашел защиту у графа фон Бентейма.
Сразу же по выходе книги разгорелась дискуссия между теологами и преследователями ведьм.
Как это ни странно, книга Вейера вызвала еще более яростную борьбу с дьяволом, и конец XVI века в особенности изобилует процессами о ведьмах во всех странах Европы, где еще в течение двух столетий костры не переставали дымиться.
В 1690 году в Амстердаме на голландское языке вышла книга Балтазара Беккера, реформатского пастора, в которой впервые объявляется война самому принципу колдовства и рассматривается учение о дьяволе и его власти на земле. Ссылками на Библию, историческими сопоставлениями и философскими рассуждениями Беккер разбивает всю систему ортодоксальных воззрений на природу дьявола, как темную ему, действующую в мире с соизволения Бога и рядом с силами добра для искушения человечества и для погубления человеческих душ. Он доказывает, что многие места из Библии, на которых основывается учение ортодоксии о дьяволе, совершенно не подтверждают этого учении и даже, напротив, находятся в полном противоречии с господствующими воззрениями. По библии сатана вовсе не есть всесильный князь тьмы, властвующий над тайнами природы, всезнающий, могущий иметь власть над человечеством и по своему желанию принимать различные образы и действовать во вред человеку. Он скорее падший дух, ввергнутый в бездну и там ожидающий суда и наказания, немощный, которому чуждо знание сокровенного в природе и который неспособен принять вид плоти, являться в образе и каким либо образом действовать на физический мир. Представление о союзе ведьм с дьяволом — не более как поэтический образ, выдуманный древними языческими поэтами и принятый ортодоксальными представителями христианства, как основа христианства — в противоречие с действительными основами евангельского учения и на посрамление церкви.