На холмах были найдены частично сохранившиеся сооружения – поселения позднего промежуточного периода, в которых просматривается некоторая попытка придерживаться общего плана. Для этого периода характерны круглые и квадратные строения, мало схожие с домами Пикильакты. Испанские завоеватели слышали от инков, что до того, как те стали господствовать, народы сьерры (гор) были очень разнообразны и неорганизованы и селились в труднодоступных местах, потому что постоянно находились в состоянии войны друг с другом.
Письменные сообщения о раннем периоде правления инков – примерно между 1200-м и 1438 гг. – представляют собой весьма недостоверные исторические свидетельства. Этот период охватывает время от основания династии инков и вплоть до 1438 г., когда Империя инков уже оказалась самым значительным государством в Андах.
В мифах о происхождении говорится, что инки первоначально состояли из трех исходных родовых групп, объединенных под водительством Манко Капака, легендарного основателя династии. Эти мифы повествуют о том, как инки искали плодородную землю и нашли ее в долине Куско и как осваивались на этой земле.
По прибытии в Куско инки столкнулись с сопротивлением и были вынуждены обосноваться поблизости, пока не отвоевали участок, где позже построили прославленный храм Солнца, Кориканча. Власть Манко Капака распространялась только на коренных уроженцев местности Куско. Второй и третий после него вожди инков, Синчи Рока и Льоке Юпанки, имели репутацию миролюбцев, тогда как четвертый, Майта Капак, возбудил к себе неприязнь, и в результате поднялось восстание среди жителей самого Куско.
Пятый, шестой и седьмой вожди инков захватили небольшие территории в прилегающих районах. В течение этого раннего периода ни инки, ни их соседи не проводили организованных завоеваний, однако периодически совершали налеты на селения соседей, когда возникала опасность, что их жители начнут отстаивать свои права, или когда у них, по всей видимости, было что грабить.
Инка Виракоча, восьмой правитель династии инков, был первым, кто принял титул Сапа Инки (Единственного, или Верховного Инки). Он положил конец локальным завоеваниям, сформировав относительно небольшое, но могущественное государство. В конце его правления создалось положение, критическое для инков, поскольку региону Куско угрожала опасность с трех сторон. На юге сильными противниками были племена колья и лупака, но они враждовали друг с другом, и инки могли сосредоточить свое внимание на западе и северо-западе, где обитали племена кечуа и чанка. Инки были в дружеских отношениях с кечуа, могущественным народом, своего рода буфером между инками и грозным племенем чанка. Оно становилось все сильнее и уже захватило провинцию Андауайльяс, которую прежде занимали кечуа, поселившись на ее территории. Предвидя неизбежное столкновение в будущем с могущественными чанка, Инка Виракоча упрочил положение своего народа, взяв в жены дочь вождя племени анта, ближайших соседей на северо-западе, и заключив союз с кечуа.
Когда чанка добрались до инков, Виракоча был уже стариком, а в народе было сильное убеждение в непобедимости чанка. Виракоча и его наследник, Инка Уркон, судя по всему, попросту бежали из Куско вместе со своей свитой. Однако положение спасла другая группа инкской знати и военачальников, возглавляемая Юпанки, еще одним сыном Инки Виракочи, который созвал под свои знамена столько воинов, сколько смог, и успешно защитил Куско. Затем чанка были разгромлены в ряде сражений, и оказалось, что инки выиграли борьбу за власть и стали безраздельно господствовать в горах. После этих событий Виракоча оказался не у дел, а Юпанки провозглашен Пачакути. Он сохранил за собой власть и короновался как правитель инков.
Поздний инкский период, или период империи, начался с правления Инки Пачакути Юпанки в 1438 г. и закончился с испанским завоеванием в 1532-м. История инков этого периода гораздо более достоверна, чем предшествующая. О царствовании правителей-инков и о военной экспансии империи, распространившейся на всю территорию Анд (см. рис. 3), существует вполне достоверная информация.