Большинство крепостей были, по существу, укрепленными цитаделями, в которых имелось все необходимое, чтобы беженцы и обороняющиеся смогли продержаться там значительное время, будучи отрезанными от источников снабжения и отражая атаки. Однако это была не единственная причина их постройки: цитадели возводились за пределами городов, однако рядом с ними – как в Кахамарке, Кусичаке, как крепость Саксайуаман в Куско. Некоторые цитадели были построены специально, чтобы облегчать завоевания и управлять покоренными поселениями. Примером тому служат крепости в Парамонга и в Боливии и Чили. Город-цитадель, которому его топографическое расположение само по себе обеспечивало естественную защиту – Мачу-Пикчу, возможно, был распланирован в таком виде из-за топографических характеристик местности, где не было пригодных для постройки низколежащих участков.
В крепости были предусмотрены жилые помещения, источники водоснабжения и хранилища. Оборонительные террасы, зигзагообразные линии укреплений, башни стратегического назначения и наблюдательные посты были обращены в ту сторону, откуда предполагалось наиболее вероятное наступление противника, в то время как естественные неприступные обрывы обеспечивали соответствующую защиту с остальных сторон.
В окрестностях Куско не было найдено ни одной неповрежденной могилы инкской знати, так что невозможно достоверно установить, каким образом они были устроены. Некоторые пещеры, искусно выдолбленные в природных скальных массивах, часто связывают с местными историями и легендами, которые говорят о них как о могилах высокопоставленных инков. Однако прямых археологических свидетельств, подтверждающих подобную интерпретацию, существует немного.
Известны многочисленные могилы обычных людей, которые выглядят по-разному в зависимости от того, где находятся. Множество небольших захоронений в форме ульев, обычно сложенных из дикого камня, скрепленного глиняным раствором, устраивались вплотную к утесам, под защитой высоких скал или под нависающими валунами, которые давали им защиту от ливня. Такие же могилы во множестве стояли отдельно, они были круглыми или квадратными по форме, со сводчатой ступенчато сложенной крышей, и иногда обмазаны слоем грязи. Такие могилы назывались чульпами. И размер, и форма варьировались, но каждая имела маленькую дверцу, которую замуровывали после того, как тело в согнутом сидячем положении помещалось внутрь. Некоторые могилы служили семейными местами погребения.
Пома описывает, как выглядели различные захоронения, обычные для обитателей Анд: жителей Чинчасуйу хоронили в маленьких куполообразных чульпах; в Антисуйу мертвецов помещали в выдолбленный ствол дерева; в Кольясуйу строили красивые большие чульпы; в Контисуйу, похоже, следовали обычаям Кольясуйу, хотя в прибрежных областях хоронили в основном под землей.
На дорогах инков регулярно встречались наблюдательные посты, таможенные заставы и станции часки. В маленьких строениях, поставленных вдоль дорог в точках, с которых открывался максимальный обзор, пребывали должностные лица, ответственные за контроль над передвижением людей и товаров. Так как торговля была монополией правительства, таможенные заставы не взимали налоги, но только проверяли или пересчитывали товары.
На станциях часки находились два скорохода, каждый из которых занимал одну из двух маленьких каменных хижин. Выстроенные из дикого камня, причем форма строений в разных провинциях слегка различалась, эти посты располагались примерно через каждые два километра. Один человек спал, в то время как другой скороход бодрствовал, ожидая, когда придется принять сообщение или кипу, содержащую информацию, и доставить на следующий пост. Средняя скорость бегунов, которые мчались изо всех сил, приблизительно в четыре раза превышала скорость, с которой мог бы путешествовать по этим дорогам всадник. Для более срочных сообщений использовались сигнальные огни. Дороги, тамбо и станции часки обслуживались той провинцией, в которой они были расположены. Скороходов тренировали с детства и жестоко наказывали, если сообщение не доходило по адресу. Пома говорит, что скороходы были сыновьями кураков и других должностных лиц.