Пытаясь ответить на подобный вопрос, историки прошлого не понимали порой его сути. Их интересовали обстоятельства военного поражения индейских племен и государств, установления в Новом Свете колониального господства европейских держав. Однако утрата политической независимости вовсе не всегда влечет за собой потерю этнической самобытности. Сто лет назад никто не подозревал, насколько эфемерными окажутся колониальные империи. Или еще пример: некоторые народы Балкан, Передней Азии или восточной Прибалтики столетиями находились или находятся под чужим управлением, но не утратили ни самобытной культуры, ни желания обрести независимости. Аборигены Америки, уступившие натиску всадников, мушкетов и немногих пушек, устрашившись пришельцев, показавшихся поначалу похожими на демонов или богов, в дальнейшем тоже могли бы свергнуть навязанные извне порядки, опираясь хотя бы на свою превосходящую численность. Подсчитано, например, что в Чили до появления в конце прошлого века новых иммигрантов из Европы число лиц, прибывших в эту страну из-за океана, относилось к числу потомков аборигенов примерно как 1 к 10. Сходное положение было и в ряде других стран Южной и Центральной Америки. В облике многих латиноамериканцев, связанных преимущественно с европейской культурой, нетрудно заметить сильную индейскую примесь. В колониальный период этот индейский компонент был еще более значительным.
Весомость доли индейских генов в формировании латиноамериканских популяций несколько подрывает и гипотезу о занесенных пришельцами болезнях как основной причине исчезновения традиционных американских культур, хотя в отдельных районах эпидемии действительно привели здесь к почти полному вымиранию аборигенов.
До конкисты заразных эпидемических заболеваний в Новом Свете практически не было. Это не значит, что люди отличались уникальным долголетием и здоровьем. Судя по материалам погребений, среди жителей Теотиуакана, например, крупнейшего доацтекского города Мексики, смертность превосходила рождаемость. Этот город, как и другие урбанистические гиганты средневековья и древности, существовал только благодаря притоку переселенцев из сельской местности. Главной причиной высокой смертности в индейских городах была, как и повсюду, антисанитария, которая способствовала, в частности, заражению людей различными паразитами. О широком распространении подобных заболеваний свидетельствуют и материалы III тыс. до н.э. с побережья Перу.
Высказывалось предположение, что все эпидемические болезни Старого Света в конечном счете получены человеком от домашних животных. Они являются своеобразной платой за освоение скотоводства, почти не получившего развития по западную сторону Атлантики. Так это или нет, но к эпохе великих географических открытий у народов Старого Света выработался иммунитет к эпидемиям, отсутствовавший у индейцев. Большинство индейских обществ болезни ослабили еще до того, как аборигены напрямую встретились с европейцами. Например, в Луизиане французы застали едва десятую часть обитателей, живших на юго-востоке США в период первых испанских экспедиций к северному побережью Мексиканского залива. Государство инков не составило исключения. В 1525 году, опередив на шесть лет Писарро, в Центральных Андах разразилась эпидемия какой-то неизвестной ранее болезни, от которой скончался и сам император Уайна Капак.
У теории вымирания индейцев от болезней есть, однако, одно слабое место. Через 50—100 лет после конкисты аборигены некоторых областей совершенно растворились в новой иноязычной и инокультурной среде, тогда как другие, также пораженные эпидемиями, продолжали отстаивать свою самобытность.
Индейская культура безоговорочно уступила позиции прежде всего там, где ее хозяйственная основа оказалась наименее конкурентоспособна по отношению к формам экономики, пересаженным из Европы на американскую почву. В доколумбовых обществах Мексики, США, Бразилии демографический рост был ограничен нехваткой белков животного происхождения, а белковый компонент растительной пищи также уступал по качеству тому, который содержится в злаках Старого Света. Последнее касается не только клубнеплодов, но и самого распространенного вида зерновых, кукурузы, тогда как высокопитательные амарант и киноа не были достаточно урожайны, чтобы составить основу диеты. Европейцы, привезшие с собой домашний скот и пшеницу, получили поэтому важные преимущества. Они начали вытеснять индейцев с их земель примерно так же, как на заре становления производящего хозяйства земледельцы и скотоводы, пришедшие из Передней Азии, осуществляли свою экспансию за счет территорий, занятых европейскими охотниками и собирателями. Домашние животные, которых европейцы ввезли в Америку, использовались не только на мясо, но и в качестве тяглового и транспортного средства, источника органических удобрений и т. п. Натиску лошадей, коров и овец американским аборигенам противостоять было труднее, чем пушкам и ружьям их хозяев.
