Последовавшим вслед за тем постановлением СНК СССР и ЦК ВКП(б) от 17 августа 1937 года была создана единая проектно-изыскательская организация БАМтранспроект. В Ленинграде и Томске были созданы ее отделения. В составе БАМтранспроекта было 16 экспедиций (в том числе аэрофотосъемочная, мерзлотная и 4 водоснабженческих).
К тому времени основные работы велись на участках Падун (Братск) — Усть-Кут, Усть-Кут — Тында и на подъездной линии Ургал — Известковая. Самым серьезным недостатком было отсутствие опытных кадров. Поэтому приходилось выполнять часть работ по договорам с другими организациями, пополнять экспедиции специалистами из них, а в 1938 году создать курсы подготовки младшего технического персонала.
В мае — июне 1937 года на трассу БАМа прибыли из Таганрога пять новых гидросамолетов СССР Ж-2, Ж-3, Ж-4, Ж-5 и Ж-6. Основная часть их была направлена на центральный, наименее доступный участок трассы. В октябре И. Н. Шамаев выехал на восточный участок БАМа, где сложилась трудная обстановка, о которой Шамаев сообщал тогда в НКПС: «Невозможностью своевременной заброски продовольствия в тайгу создалось угрожающее положение. Для обеспечения работ категорически необходима доставка продовольствия не позднее 25 октября. Принимаются героические усилия справиться с задачей своими самолетами. Настоятельно прошу добиться… немедленной помощи выделением звена самолетов для доставки парашютами продовольствия в тайгу. Результаты ожидаю молнией».
А произошло вот что. Заместитель начальника экспедиции Н. П. Иванов 20 октября доложил Шамаеву из Тавлинок в районе озера Эворон: «Доношу, что при посадке на озеро Эворон в 350 м от берега реданом зацепили за мель, в результате чего самолет получил крен на левое крыло, т. к. скорость самолета была еще большой, резкий наклон поломал поплавок (поломал одну стойку и вырвал узлы у двух стоек)…»
Но и это еще было не все. Из радиограммы Иванова начальнику экспедиции Н. И. Маккавееву от 22 октября видно, что положение после этой аварии еще более осложнилось: «После ночной бури на 20 октября, которая сорвала с якоря самолет Ж-2 и унесла на 2 километра от базы, причем, кроме поломанных подкосов левого поплавка, отломало от крыла и унесло неизвестно куда правый поплавок, наступил штиль с морозом, и озеро стало быстро замерзать. 20 октября удалось перебросить в Тавлинки 1000 килограммов продуктов. Если бы было еще 4–5 летных дней, то можно было перебросить при двух рейсах на трех машинах 9— 10 тонн. Сейчас озеро замерзло совершенно, и летать больше не придется… Трассировочный отряд продолжает работу. Нет совершенно овса, кормят лошадей сухой травой, перемешивая с мукой…»
1937-й — начало 1938 года характерны временным ослаблением полевых работ и новыми организационными решениями. В частности, уже 15 января 1938 года И. Н. Шамаев был освобожден от обязанностей начальника БАМтранспроекта, временно несколько месяцев их выполнял П. С. Изюмов, а с середины 1938 года начальником БАМтранспроекта стал Федор Алексеевич Гвоздевский, с именем которого связано много славных страниц строительства Байкало-Амурской магистрали.
В начале 1939 года в связи с начавшимся на отдельных участках БАМа строительством БАМтранспроект был реорганизован в управление, получившее название БАМпроект. Геологические работы велись в контакте с Академией наук СССР. Основой своевременного выполнения плановых заданий стали стахановско-криво-носовские методы работы с широким использованием рационализаторских предложений.
В соответствии с новыми требованиями и с некоторыми новыми возможностями изыскатели работали в 1937–1941 годах на всех участках БАМа. В 1937 году продолжались рекогносцировочные изыскания, начатые в 1936 году на западном участке трассы. Экспедиция, получившая название Байкало-Олекминской, под начальством С. Ф. Душкина производила подготовку к изысканиям участка Байкал — Нюкжа, наземную стереофотосъемку Байкальского хребта, уточнила отметку Ангароканского перевала Северо-Муйского хребта, оказавшуюся равной 1138 метрам, проложила тахеометрические ходы для привязки аэрофотоснимков к Верхней Ангаре. Прибывшие самолеты из-за недостаточной укомплектованности съемочной части использовались лишь для рекогносцировочных полетов. В 1938–1939 годах на центральном участке впервые в СССР были проведены обширные аэроизыскательские работы.