Жильяр изложил в своей книге результаты расследования Соколова. 4 июля комиссар Яков Юровский, фотограф и член ЧК, принял в свое распоряжение дом Ипатьева на Вознесенском проспекте. Он привел с собой десять человек, двое из которых были «профессионалами» – Григорий Никулин и Петр Ермаков. В течение нескольких дней он на лошади объехал близлежащие лесные массивы, чтобы выбрать место, где можно было бы уничтожить тела. Прибыли двое уполномоченных от Уральского Совета, «привезя инструкции и директивы из Москвы». Вечером 16 июля Юровский раздал своим людям пистолеты. После полуночи он потребовал, чтобы Романовы и те, кто все еще находился с ними – Евгений Боткин, Анна Демидова, Иван Харитонов и Алоиз Трупп, – приготовились к переезду в более надежное место.
Все спустились по внутренним лестницам в подвал. Бывший Император нес сына на руках. Были принесены три стула, Алексея посадили на пол. Они ждали в напряженной тишине. Юровский внезапно вошел в комнату с девятью своими подельниками, вооруженными пистолетами. Они выстроились в ряд. Произнеся совершенно формальный, внесудебный приговор, Юровский поднял свой пистолет и в упор выстрелил в Царя. «Это было сигналом для общего залпа. Каждый из убийц выбрал себе жертву. Юровский лично расстрелял Императора и Цесаревича».
Большая часть жертв, в частности дети, погибли не сразу. Пули рикошетили. Замешательство было общим, пороховой дым затруднял видимость и душил палачей. Раненых добивали ударами штыков и прикладами. Драгоценности, зашитые в Тобольске Александрой Теглевой по одной в одежду, служили чем-то вроде пуленепробиваемых жилетов. Эта деталь, когда о ней узнали, стала поводом для возникновения слухов о выживших членах Царской Семьи, а также о сказочных сокровищах, которые до сих пор разыскивают. Окровавленные тела в грузовике увезли в урочище близ деревни Коптяки. Когда машина забуксовала, тела оттащили к одной из шахт и раздели. Именно там большевики поняли, что в одежду детей были вшиты драгоценные камни и что некоторая их часть потерялась по дороге.
Соколов и Жильяр полагали, что тела были расчленены, облиты серной кислотой и затем сожжены, а пепел сброшен в одну из шахт. Расследование, проведенное после перестройки, в 1990-е годы, показало, что операция по уничтожению тел убитых была еще более жуткой. Обнаженные тела в спешке попытались сжечь, а затем сбросили в шахту. Однако на следующий день весь город наполнился слухами. Крестьяне видели суетившихся красноармейцев, увязшую в грязи машину и очень взволнованных командиров. Нужно было срочно уничтожить тела, пока любопытные местные жители не узнали правду.
Дом Ипатьева в Екатеринбурге. Май 1918 г.
На следующую ночь совершенно окоченевшие тела вытащили из шахты. Юровский отвез их за 20 км от урочища, в глухое место, где было много заброшенных шахт. Его машина увязла в грязи. Он приказал облить тела примерно 160 литрами кислоты после того, как их разрубили на части топором, а затем сжечь их, использовав около тонны бензина. Однако эта операция затягивалась, а время поджимало. Большевистские отряды покидали Екатеринбург, шел дождь, жидкая грязь замедляла работу, но Юровский нес ответственность за уничтожение Романовых перед своим политическим руководством, которому было не до шуток. Тогда он решил похоронить останки прямо у Коптяковской дороги. Там же, в болотистой местности, где намертво увязла его машина, Юровский приказал положить на захоронение железнодорожные шпалы. Останки были извлечены в 1991 году. В захоронении не было останков Анастасии и Алексея, позже их нашли в другом месте. Два латышских солдата, отказавшиеся участвовать в убийстве женщин и детей, были расстреляны там же, у Коптяковской дороги.
Местная газета сообщила «о казни Николая Кровавого, коронованного убийцы, уничтоженного без буржуазных формальностей, но в соответствии с принципами нашей новой демократии». «Новая рабоче-крестьянская власть» все же отказывалась до 1922 года признать факт убийства детей, единственным «оправданием» которого были месть и стремление к физическому уничтожению всех Романовых. Вероятно, решение о казни было принято Свердловым и Лениным, чтобы помешать Троцкому устроить над бывшим Царем политический процесс, который обеспечил бы ему большую популярность и увеличил бы его престиж в большевистской партии, хотя существуют и другие версии.