Организованный им четкий порядок по воинским перевозкам постоянно оправдывал себя и положительно сказывался на общей транспортной обстановке.
Ветераны железнодорожного и других видов транспорта, органов ВОСО и желдорвойск, с которыми во время войны работал генерал Ковалев, вспоминая о нем, отмечают, что он был и очень инициативным руководителем.
14 февраля 1942 г. именно по его инициативе, поддержанной И. В. Сталиным, был создан при ГКО Транспортный комитет, в состав которого наряду с членами Политбюро ЦК А. А. Андреевым, Л. М. Кагановичем, А. И. Микояном, начальником Тыла Красной Армии генералом А. В. Хрулевым и рядом других военных и гражданских деятелей, вошел и начальник УПВОСО генерал И. В. Ковалев. Транспортный комитет возглавил Сталин. Новым органом были предприняты весьма действенные меры по упорядочению планирования и координации работы всех видов отечественного транспорта. Во многом благодаря этому удалось в первом полугодии 1942 г. избежать топливного кризиса и обеспечить устойчивость в перевозочной деятельности железных дорог.
Во всех делах, которые ему поручались, И. В. Ковалев всегда проявлял решительность и принципиальность. Когда в 1942 г., в тяжелые месяцы отступления, в Государственном Комитете Обороны был поднят вопрос о расформировании железнодорожных войск и переводе их в стрелковые части, Ковалев энергично выступил против этого недальновидного предложения. Он заявил что, когда советские войска перейдут в наступление, то некому будет восстанавливать железные дороги, а без этого наступательные операции наших Вооруженных Сил просто невозможны. Его мнение восторжествовало.
Другой характерный пример. В ноябре 1944 г., когда Красная Армия перенесла боевые действия за пределы СССР, Л. М. Каганович, который тогда еще являлся наркомом путей сообщения, провел в ГКО решение о восстановлении всех зарубежных магистралей только на западноевропейскую колею (1435 мм). Хотя постановление было уже подписано Председателем ГКО, Ковалев, невзирая ни на что, счел принципиально нужным решительно выступить со своей точкой зрения, доказывая, что если произойдет перешивка дорог исключительно на западноевропейскую колею, то будет невозможно обеспечить возросший объем перевозок. Он предложил в полосе каждого фронта осуществить перешивку хотя бы одного направления на союзную колею (1524 мм).
Прежнее решение ГКО было Сталиным отменено, что случалось крайне редко.
Председатель Государственного Комитета Обороны и Верховный Главнокомандующий хорошо знал все достоинства руководителя ВОСО и в течение всех военных лет между ними установилась прямая связь.
Ежесуточно докладывая Сталину (обычно это происходило около 2 часов ночи) о состоянии продвижения воинских эшелонов и в целом ситуации на железнодорожной сети, Иван Владимирович всегда имел при себе сводки по итогам дня, включая сведения о задержках тех или иных транспортов, причинах задержек, принятых мерах и т. п. Причем обо всем этом он докладывал только по памяти. А память у Ковалева была исключительной.
Иван Владимирович был удостоен многих боевых наград. Заслуги его перед страной весьма велики.
Однако вскоре после войны, в апреле 1948 г., очевидно, по како- му–то недоброму навету, он был обвинен в «ошибках при расходовании государственных средств, а также в деле подбора кадров», освобожден с поста наркома и направлен в Китай в качестве уполномоченного Совета Министров СССР и советника по проблемам транспорта при правительстве Народного Китая. Сам же Иван Владимирович считал, что он был послан туда как «личный представитель Сталина при Мао Цзэдуне», а также в качестве «главного советника в Политбюро КПК и руководителя советских специалистов в Китае».
Выступая 6 мая 1976 г. перед коллективом Института истории СССР АН СССР, он, в частности отметил: «Мне пришлось организовывать восстановление железных дорог и экономики в Маньчжурии и во всем Китае, организовывать управление промышленностью и экономикой вообще, потому что китайцы того времени во главе с Мао были теоретически малограмотными в области экономики и полностью некомпетентными в практической работе по руководству народным хозяйством. С другой стороны, в ту пору там были силы, которые ценили нашу интернациональную помощь и по–братски относились к нам».
