Из государственных структур для нашей проблематики наибольший интерес представляли те органы, которые в той или иной степени участвовали в формировании и реализации государственной конфессиональной политики. В ГА РФ были проанализированы законодательные и иные нормативно-правовые акты, циркулярные и протокольные материалы, планово-отчетная документация и переписка из четырех фондов: ВЦИК, Министерства юстиции РСФСР, Отдела по просвещению национальных меньшинств Наркомата просвещения РСФСР и Постоянной центральной комиссии по вопросам культов (Ф. А-296; Ф. А-353; Ф. Р-1235; Ф. Р-5263). Изучение документов названных фондов способствовало пониманию правовой основы формирования государственной конфессиональной политики, ключевых ее направлений, практических мер по реализации декретов советской власти и их увязки с конкретной ситуацией в стране (например, произошедшее сближение с некоторой частью духовенства при проведении кампании по изъятию церковных ценностей или влияние обострения государственно-церковных отношений на колхозное строительство). Особый интерес представляли материалы о создании и деятельности в аппарате государственного управления специальных органов, уполномоченных на проведение государственной конфессиональной политики.
Представление о «партийной» линии в формировании государственно-церковных отношений в 1920-1930-е гг. помогли сформировать протокольные материалы и циркулярные указания Политбюро ЦК РКП(б) из соответствующего фонда РГАСПИ (Ф-17). Круг рассматривавшихся на заседаниях данного органа вопросов касался практически всех сторон государственной конфессиональной политики. В результате изучения данных документов удалось сформировать представление о взятых «на карандаш» высшим партийным руководством наиболее острых вопросах государственно-церковного взаимодействия и принятых решениях. Обращение к указанному комплексу документов позволило понять некоторые причины происходивших векторальных изменений в характере антирелигиозной работы и механизма применения репрессивной машины, политики временного сотрудничества с отдельными группами внутри РПЦ и сектантскими движениями.
Среди материалов фонда Центрального Совета Союза воинствующих безбожников СССР (ГА РФ. Ф. Р-5407) нас прежде всего интересовали дела из оп. 2, в которой отложились документы редакции газеты «Безбожник» за 1922-1931 гг. Деятельность собственно ЦС СВБ СССР, документы которого составили оп. 1. названного фонда, с одной стороны, служила предметом внимания уже в советский период и достаточно хорошо освещена в целом ряде публикаций, с другой – практически все основные циркулярные указания этого органа представлены в аналогичных фондах региональных структур (см. характеристику ниже). Из собранных в оп. 2. материалов наиболее актуальными оказались публицистические сведения с мест (корреспонденции в редакцию) об «антисоветской» деятельности духовенства.
Материалы личных фондов партийных и государственных деятелей (РГАСПИ. Ф-89. Личный фонд Е. М. Ярославского; Ф-558. Личный фонд И. В. Сталина (Джугашвили)) дали нам возможность оценить личностные подходы руководителей страны к проблеме государственно-церковных отношений. Преимущественно изучались материалы служебной деятельности и эпистолярное наследие. Особое внимание обращалось на рукописи и машинопись позднее изданных работ, что позволило при сопоставлении опубликованных текстов с имеющими авторские и редакторские правки архивными материалами выявить вносившиеся по ходу подготовки публикации изменения, понять их характер и выявить причинно-следственную зависимость.
Несмотря на значимость документов федеральных архивов, приоритетное значение имели фонды региональных архивов. Во-первых, материалы «местного» значения, как правило, более детализированы и насыщены конкретными фактами, в то время как «центральные» отчеты и т. п. сведения представляют собой обобщения и аналитику. Во-вторых, значительная часть документов федеральных архивов по истории государственно-церковных взаимоотношений периода 1917 – начала 1940-х гг. к настоящему времени опубликована в различных сборниках, а также на страницах научных журналов и исторических альманахов
