В разгар опричнины Иван Шуйский получил чин боярина и продолжал исправлять ответственные военные службы. Смерть нашла отважного Ивана Шуйского - отца будущего "боярского царя" Василия Шуйского - на поле брани, под стенами Ревеля в 1573 году.
Петр Иванович Шуйский, племянник Василия Немого, в молодости также оказался вовлеченным в придворную борьбу. Однако уже с 1539 года он выступает и на воинском поприще. Участник знаменитого похода на Казань, в 1552 году он был поставлен одним из пяти "государевых воевод" в только что построенном Свияжске и пробыл там до 1558 года, когда был отозван и послан на Ливонскую войну. Там он отличился при взятии крепости Вильян (современный город Вильянди в Эстонии). Один из летописцев XVI столетия сообщил об этом деянии Шуйского в таких словах: "Лета 1559-го. Того же лета воеводы князь Иван Федорович Мстиславский да князь Петр Шуйский с товарищами ливонский город Вильян взяли и старого магистра в нем взяли и к великому князю прислали". Шуйский успешно действовал и при взятии Дерпта, а затем при обороне его от наседавших немцев. На протяжении пяти первых лет Ливонской войны - а это был период успехов русского оружия - Шуйский постоянно находился в центре событий.
После взятия русскими войсками Полоцка (15 февраля 1563 года) Шуйский руководил отражением попыток литовцев вернуть крепость. В следующем году он получил приказ Ивана Грозного выступить из Полоцка и, соединившись с войском, шедшим из Смоленска, двинуться в глубь территории великого княжества Литовского.
Знаменитый князь-философ Древней Руси Владимир Мономах советовал своим детям: "Оружия не снимайте с себя второпях, не оглядевшись по лености, внезапно ведь человек погибает". Забыв предостережение мудрого Мономаха, Шуйский в этом несчастном походе потерял не только воинскую славу, но и голову. Неподалеку от Орши на реке Уле рать Шуйского подверглась внезапному нападению литовцев. Застигнутое врасплох, не готовое к бою, русское войско было разбито. Сам Шуйский, потеряв в сражении коня, пешком пришел в соседнюю деревню. Опознав в нем московского воеводу, крестьяне ограбили его, а затем утопили в колодце.
Тело русского главнокомандующего было найдено победителями. В знак своего торжества литовский воевода Николай Радзивилл привез прах Шуйского в Вильно, где он был с почестями предан земле в костеле, возле могилы несчастной дочери Ивана III Елены - жены великого князя Литовского Александра Казимировича.
Иван Петрович Шуйский, сын убитого под Оршей "большого воеводы", получил широкую известность у современников и остался в памяти потомков как руководитель героической обороны Пскова от поляков в 1581-1582 годах. Однако и помимо этого деяния он имел немало воинских заслуг.
В начале своего боевого пути, в 1563 году, он участвовал в победном полоцком походе Ивана IV. Два года спустя Шуйский действовал на Оке против крымских татар, а в 1566 году был поставлен воеводой в Серпухов. Вскоре он получил новое назначение - в крепость Данков (ныне город Данков на севере Липецкой области). Там он и был горько памятной для москвичей осенью 1571 года, когда многотысячное войско крымского хана Девлет-Гирея, прорвавшись через линию обороны юга России, внезапно появилось у самой Москвы. Вновь, как и за пятьдесят лет перед тем, "государь всея Руси" искал спасения от татар в северных городах.
Крымцам не удалось взять Москву. Однако вспыхнувший в осажденном городе пожар уничтожил тысячи людей, нанес огромный ущерб.
В эти трагические дни Шуйский находился на южной границе. Известно, что он загодя дал знать в Москву о приближении татар. Успех их прорыва меньше всего можно было поставить в вину именно ему: хан прошел через русскую систему обороны западнее Калуги, за сотни верст от места, где стоял со своим отрядом Шуйский.
В 1572 году Шуйский был поставлен воеводой в Кашире - одной из ключевых крепостей на Оке. Отсюда он ходил с войском к Серпухову для отражения вновь нагрянувших на Русь крымцев. В этой кампании, завершившейся разгромом татар в битве при Молодях, Шуйскому, командовавшему сторожевым полком, удалось обратить в бегство передовые вражеские отряды в сражении на Сенькином броде на Оке. Однако остановить всю подоспевшую орду он не смог. Отступив, он вскоре под началом Воротынского бился с татарами при Молодях. Иван IV заметил способного воеводу и в 1573 году направил его на ливонский фронт, где обстановка становилась все более и более тревожной для русских. Вновь отличившись в сражении, он в следующем году получил пост второго наместника во Пскове, где и находился с небольшими перерывами до 1584 года.
