"Все произошло из праха и все возвратится в прах" (Екклесиаст, 3.20). Измученный болезнями и семейными неурядицами, "государь всея Руси" явно близился к концу своего земного пути. Он все меньше думал о делах, и все больше - о "спасении души". Рассказывают, что незадолго до кончины он решил вновь переписать завещание и передать престол Дмитрию - внуку, Этим решением он обелил бы свою совесть, но поставил бы Московскую Русь на грань небывалой внутренней смуты. Впрочем, сделать этого Иван уже не успел. 27 октября 1505 года в возрасте 65 лет он скончался.
Кончина Ивана III не изменила положения Даниила Щени. Он по-прежнему незаменим там, где требуется присутствие опытного и надежного воеводы. Летом 1506 года, когда воз никла опасность набега казанских татар на русские земли, Даниил был послан в Муром и возглавил собранные там полки. Но на этот раз татары отказались от своего замысла.
В 1508-1510 годах Щеня вновь занимал пост новгородского наместника. Во главе новгородской рати он участвовал в русско-литовской войне, вызванной восстанием против нового великого князя Литовского Сигизмунда (1507-1548) крупнейшего православного литовского магната Михаила Глинского. Правительство Василия III решило оказать Глинскому военную помощь.
Даниилу Щене со своим полком приказано было идти к Орше. Туда подтянулись и другие воеводы. Осада Орши затянулась. А тем временем Сигизмунд лично прибыл к Орше во главе большой армии. Московские воеводы получили приказ отступить к Вязьме, обойдя Смоленск с юга. Учитывая возможность внезапного движения литовцев к Торопцу, Василий III послал Щеню туда. Изгнав проникших в город литовских людей, Даниил заставил торопчан целовать крест на верность московскому государю.
Пробыв некоторое время в Торопце, Даниил вернулся в Новгород. Известно, что 29 марта 1509 года он в качестве новгородского наместника заключил 14-летнее перемирие с ливонскими послами. Этот договор был выгоден России: ливонцы обязывались не вступать в союз с Литвой.
По мнению некоторых историков, в этот же период Даниил Щеня выхлопотал у Василия III прощение своему двоюродному брату Василию Патрикееву, насильно постриженному в монашество в 1499 году под именем Вассиана. Около 1510 года князь-инок появился в Москве. Авторитет Вассиана Патрикеева вскоре стал так высок, что даже сам Василий III часто навещал его в Симоновом монастыре.
Впрочем, своим возвышением Вассиан был обязан не одним только родственным связям. Из монастырского заточения он вышел с богатым запасом мыслей и знаний. Беседы с ним доставляли удовольствие всякому, кто умел ценить умное слово. Наконец его взгляды на роль церкви и монастырей в жизни общества оказались созвучны настроениям и планам самого великого князя.
Около 1512 года Даниил занял одну из самых почетных государственных должностей - московского наместника. Летом 1512 года наряду с другими воеводами он ходил с войском на Оку, готовясь дать отпор крымцам. Зимой 1512/13 года во время первого похода Василия III на Смоленск Даниил был главным среди сопровождавших его воевод. Летом 1513 года он участвовал и во втором походе на Смоленск. Однако город и на этот раз устоял. Лишь третий поход, летом 1514 года, принес успех "московитам". И вновь непосредственным руководителем военных действий был Щеня.
Ценя боевые заслуги Даниила, великий князь возложил на него почетную миссию первому из московских воевод войти в сдавшийся на милость победителей город и привести его жителей к присяге. Лишь после этого 1 августа 1514 года Василий III торжественно въехал в Смоленск.
Вскоре Даниил покинул покоренный город, передав бразды правления своему старому сослуживцу - бывшему новгородскому наместнику князю В. В. Шуйскому, назначенному смоленским наместником.
Война с Литвой продолжалась. Разгром русского войска в битве под Оршей 8 сентября 1514 года качнул чашу весов в пользу Сигизмунда. Летом 1515 года можно было ожидать новых попыток литовцев возвратить Смоленск. И потому Даниил Щеня вновь послан был с войском занять позицию неподалеку от Смоленска - в Дорогобуже. Однако боевых действий тем летом так и не произошло. Обе стороны занялись поиском союзников, дипломатическими разведками и переговорами.
