Утром 9 апреля 1963 года «Трешер» под командованием капитан-лейтенанта Харвея покинул Портсмут, где он находился на ремонте с 16 июня 1962 года, и направился в море для проведения программы испытаний. «Трешер» входил в состав 2-й группы опытовых подводных лодок, подчинявшейся командующему подводными силами Атлантического флота США. По долгу службы на борту лодки было 129 человек, в том числе 3 офицера и 13 гражданских специалистов с портсмутской судостроительной верфи, офицер штаба заместителя командующего подводными силами Атлантического флота, 4 представителя частных фирм и экипаж лодки — 12 офицеров и 96 старшин и рядовых.
Обеспечивать «Трешер» во время испытаний было поручено спасательному судну «Скайларк» под командованием капитан-лейтенанта Хеккера. «Скайларк» имел все необходимое для спасения экипажа затонувшей лодки: шесть якорей для постановки судна прямо над затонувшим кораблем, буи, водолазное снаряжение, оборудование для подачи воздуха для личного состава и продувания балластных цистерн, а также «спасательный колокол», с помощью которого можно проводить спасательные работы на глубине до 280 метров. Таким образом, если бы «Трешер» по каким-либо причинам затонул во время своих пробных погружений, где глубина океана была менее 200 метров, «Скайларк» смог бы спасти находившихся на лодке людей.
В назначенное время в указанном районе «Трешер» произвел погружение на небольшую глубину, после чего оба корабля самостоятельно направились к следующему месту встречи — 41 градус 46 минут северной широты, 65 градусов 03 минуты западной долготы. Этот переход «Трешер» совершал как в надводном, так и в подводном положении и выполнил ряд предусмотренных программой испытаний, включая работу двигателей на полную мощность.
В 07.45 10 апреля корабли встретились в назначенном месте, расстояние между ними равнялось приблизительно трем километрам. На море была небольшая зыбь. Ветер — северо-северо-восточный, силой два-три балла. Видимость — около 10 миль. Каких-либо других кораблей в районе испытаний не наблюдалось.
В 07.47 «Трешер» сообщил по гидроакустическому телефону на «Скайларк», что он начинает погружаться на большую глубину. Выполняя маневр, «Трешер» передавал на «Скайларк» изменения своего курса и глубины погружения. На спасательном судне приближенно место подводной лодки наносилось на карту. Тем на «Скайларке», кто поддерживал связь с «Трешером», положение лодки представлялось нормальным вплоть до 09.13. В 09.13 «Трешер» передал на «Скайларк»: «Испытываю незначительную трудность. Имею дифферент на корму. Пытаюсь продуть цистерны. Буду информировать вас». Вслед за этим на «Скайларке» услышали шум поступающего в балластные цистерны сжатого воздуха, что свидетельствовало о попытке «Трешера» всплыть на поверхность. Около 09.16 на «Скайларке» приняли искаженное сообщение, в котором, как полагают, имелись слова «предельная глубина».
Получив сообщение с «Трешера», в котором он указывал, что испытывает незначительную трудность, «Скайларк» передал на лодку, что на поверхности всплытию ничто не препятствует. Одновременно «Скайларк» сообщил на «Трешер» свой курс и попросил его дать ему расстояние и пеленг на себя. Примерно в 09.15 «Скайларк» спросил «Трешера»: «У вас все в порядке?» — и повторил этот вопрос несколько раз. Используя подводный телефон, гидроакустическую аппаратуру и радио, «Скайларк» продолжал поиск «Трешера». В 09.21 «Скайларк» определил свое место радиопеленгованием: он находился в точке 41 градус 45 минут северной широты, 64 градуса 59 минут западной долготы. Около 10.40 «Скайларк» начал сбрасывать в воду подрывные патроны — сигналы для всплытия лодки на поверхность. Затем в адрес командира 2-й группы опытовых подводных лодок было послано донесение о потере связи с «Трешером».
Комиссия установила, что командир «Скайларка» капитан-лейтенант Хеккер не включил в свое донесение командованию всех имевшихся у него данных. Комиссия считала, что за это Хеккер должен нести ответственность. Однако, по мнению комиссии, действия «Скайларка» «ни в коей мере не могли повлиять на судьбу «Трешера».
