Избранный на Учредительном съезде Центральный Комитет КП РСФСР решительно пресекал любые попытки повернуть дело к расколу. Когда, например, член ЦК российской Компартии А. Руцкой создал так называемую Демократическую партию коммунистов России, пленум Центрального Комитета исключил его и В. Липицкого из КП РСФСР, указав в своем постановлении: «Рескомам, крайкомам, окружкомам, горкомам и райкомам партии, первичным партийным организациям предпринять все необходимое для предотвращения и пресечения раскольнических действий в Компартии РСФСР и КПСС в целом. Нельзя допустить, чтобы те, кто стремится создать параллельную партийную организацию (партию в партии) и тем самым расколоть КПСС, имели возможность делать это, оставаясь в ее рядах».
Существует и еще один важный аспект вопроса, который обходится стороной: создание Компартии России в полной мере соответствовало укрепившейся в общественном сознании идее обновления Союза, принятия нового Союзного договора, предусматривавшего значительное расширение полномочий союзных республик. Для многих коммунистов было вполне очевидным, что КП РСФСР способна остановить рост центробежных настроений, избежать крайностей в трактовках суверенитета и независимости. На тот момент она являлась если не единственным, то важнейшим инструментом, с помощью которого можно было предотвратить окончательный развал и КПСС, и СССР.
Именно этими соображениями руководствовался Зюганов, когда включился в работу по подготовке Учредительного съезда Компартии России. В те дни ощущал себя на подъеме: открылась, наконец, перспектива реальной и очень нужной работы, появилась точка опоры, которой так не хватало в последние годы.
Уже в период непосредственной подготовки к съезду произошли события, которые лишний раз убедили Геннадия Андреевича, насколько актуальной и неотложной была задача сплочения российских коммунистов. В конце мая 1990 года Б. Н. Ельцин был избран председателем Верховного Совета РСФСР, а спустя две недели I съезд народных депутатов РСФСР принял Декларацию о суверенитете России, провозглашавшую верховенство российских законов над союзными. Решение это возникло не вдруг, и Зюганов был одним из немногих, кто пытался тогда предостеречь своих товарищей по партии: «Суверенитет России — лом, который взломает все границы». Эту же мысль он не раз высказывал, общаясь с коммунистами, избранными на съезд народных депутатов: «Ни при каких обстоятельствах нельзя пороть горячку и голосовать за подобное решение». Приводил аргументы: в своих нынешних административных границах Российская Федерация не является исторической Россией. Внутри Союза защищаться нам не от кого — большинство соседей находятся в таком же бедственном положении. Надо попытаться понять их, перетерпеть обиды. Негоже России противопоставлять себя другим, особенно Украине и Белоруссии.
Но к его голосу тогда не прислушались: эмоции взяли верх над здравым смыслом. Незамедлительно последовала цепная реакция: начался пресловутый «парад суверенитетов». Однако трагический финал этого процесса еще можно было предотвратить. Об этом свидетельствуют и итоги всенародного референдума, состоявшегося в марте 1991 года. В ходе его 76 процентов населения СССР сказали Союзу «да». Эти результаты показывали, что напряженная работа КП РСФСР по преодолению национального сепаратизма и спасению страны, активным организатором которой был и Зюганов, не пропадала втуне. Даже несмотря на то, что шесть республик из пятнадцати участвовать в референдуме отказались, а большинство участников состоявшегося одновременно с ним общероссийского референдума высказались за всенародное избрание собственного президента, перспективы сохранения Союза были обнадеживающими. Так, например, после того как 94 процента жителей Казахстана проголосовали за единство страны, Верховный Совет Казахстана в подтверждение их воли принял специальное обращение к Верховным Советам других республик Союза ССР с призывом ускорить подготовку и подписание нового Союзного договора, не дожидаясь, пока отношение к нему определят все республики.