Кроме двух территориальных секторов идеологического отдела Геннадию Андреевичу было поручено заниматься анализом деятельности Советов и правоохранительных органов. Получил он доступ и к «Особой папке» — пакету секретных документов, предусматривающих порядок действия всех государственных структур на случаи военной опасности, чрезвычайного положения и войны. Когда знакомился с этими материалами, поражался, насколько четко, до мельчайших деталей, была проработана система приведения в действие всех резервов и ресурсов страны. Впечатляли отработанные сценарии самого неблагоприятного развития событий. Например, один из них включал полное закрытие на три месяца всех рудников и лесосек — при этом в стране не остановилось бы ни одно предприятие. При необходимости можно было оперативно, в течение считаных часов, навести понтонные мосты взамен всех действующих — от западных границ до Тихоокеанского побережья. Резервные стратегические запасы были созданы по всем отраслям народного хозяйства. Продовольствие, медикаменты, сборные дома, средства передвижения… По всему было видно, что руководители государства сполна учли горькие уроки Великой Отечественной войны. Советский Союз жил с колоссальным запасом прочности. Впрочем, к несметным богатствам, созданным самоотверженным трудом нескольких поколений советских людей, уже потянулись руки новых кооператоров. Кооперативы присосались к самым лакомым кускам, закупорив выход на рынок готовой продукции государственных предприятий, порождая дефицит и взвинчивая цены, усиливая экономический хаос. На экономику страны была накинута первая удавка.
Тогда Зюганову казалось, что еще далеко не все потеряно. Взялся за дело с воодушевлением. Среди первоочередных своих забот сразу же выделил две болевые точки — межнациональные отношения и преступность. Когда собрали и систематизировали весь материал по преступности, Геннадий Андреевич ужаснулся. Налицо был невиданный ранее рост числа убийств и несчастных случаев со смертельным исходом, насилий, ограблений и других тяжких преступлений. За год количество погибших мирных граждан в несколько раз превысило наши потери за все годы афганской войны. С невероятной быстротой криминализировалась экономика. Создание кооперативов сопровождалось повсеместным возникновением и разрастанием организованной преступности, в том числе и вооруженных преступных сообществ. Над страной нависла тень криминального террора. Соответствующий доклад Зюганов направил А. Н. Яковлеву. Реакции не последовало.
Примерно в это же время Геннадий Андреевич вместе со своими коллегами самым тщательным образом изучил ситуацию в Средней Азии, особенно в Узбекистане, где нарастали трения на национальной и религиозной почве. Подготовленная по итогам этой работы аналитическая записка, которая также легла на стол Яковлеву, содержала исчерпывающую информацию и тревожный прогноз: если не принять срочных мер, то малейшая искра может вызвать беспорядки с самыми тяжелыми последствиями. На этот раз Яковлев отреагировал и провел у себя рабочее совещание. Очевидно, только для того, чтобы более доходчиво изложить свою точку зрения: для паники нет никаких оснований. Это совещание состоялось в феврале 1989 года, а летом вспыхнули кровавые межэтнические столкновения в Ферганской долине. Затем последовали резня в Ошской области Киргизии, беспорядки в Таджикистане…
Тревожное положение складывалось в прибалтийских республиках. Жесткие нападки с их стороны на центральные союзные органы, в первую очередь Госплан СССР, выдвинутые проекты перехода на полный региональный хозрасчет, преследование коммунистов, дискриминация русского населения — все это не вызывало сомнений: дело идет к полному отделению республик от Союза. Осенью 1989 года Зюганов вместе с другими сотрудниками ЦК КПСС две недели провел в Литве. Обстановка там накалилась тогда до такой степени, что группе даже охрану выделили. По возвращении подготовили обстоятельный доклад, в котором указали, кто там конкретно подогревает националистические и сепаратистские настроения, откуда эти люди приехали, кто их финансирует, сколько иностранных телекомпаний работает, какие операции готовятся. Главный вывод — Прибалтика стала основным плацдармом идеологической войны и диверсий против страны и дружбы народов СССР. Но еще не поздно поправить положение, необходимо только всемерно поддержать авторитетные силы на местах, препятствующие выходу своих республик из Союза, развернуть активную контрпропагандистскую работу, разоблачающую истинное лицо оппозиционеров и их зарубежных спонсоров. Материал был настолько горячим, что его срочно напрямую направили Яковлеву. Ответа так и не дождались.
