С момента секуляризации имущества армянской церкви властями Российской империи "борьба с царизмом" вышла для "дашнаков" на первый план. В сентябре 1904 г. представители партии "Дашнакцутюн" приняли участие в Парижской конференции российских революционных и оппозиционных партий, поставившей задачу объединения всех антиправительственных сил для свержения Самодержавия.
В мае 1905 г. Совет партии "Дашнакцутюн" распространил проект новой партийной программы, в которой ставилась задача создания Закавказской Федеративной демократической республики в составе Федерации других российских республик (что и осуществилось - правда, ненадолго! - после Февральского переворота 1917 г.). Таким образом, хотя "дашнаки" перешли к борьбе с российским Самодержавием, планов полного отделения Армении от России у них не имелось.
В руководстве партии "Дашнакцутюн" возник раскол. Против нового курса выступил один из руководителей боевиков ("зинворов") Габриеэл Кешишьянц. В начале 1907 г. в Вене состоялся 4-й съезд партии "Дашнакцутюн", принявший решение о роспуске отрядов "зинворов", находившихся в подчинении Военного совета, возглавляемого Габриэлом Кешишьянцем. После того, как последний отказался подчиниться этому решению, за ним и его сторонниками началась охота. 10 июля 1907 г. "дашнаки" обнаружили Габриэла Кешишьянца в селении Армавир (ныне - город Армавир). В результате совершенного на него покушения сам он получил ранение, а несколько человек были убиты.
Покушение на Кешишьянца, ознаменовавшее собой начало форменной "гражданской войны" между "дашнаками", послужило причиной возбуждения уголовного дела. Под руководством следователя по особо важным делам Новочеркасского окружного суда Лыжина началось следствие. Опираясь на показания Габриэла Кешишьянца, царская полиция провела целую серию обысков. Были обнаружены многочисленные документы - партийная переписка, финансовая отчетность и списки членов партии. Дело о покушении на убийство Кешишьянца стало превращаться в дело о партии "Дашнакцутюн".
Когда в 1907 г. началось следствие по делу "Дашнакцутюн", между прочим, выяснилось, что для хранения и перевода своих денег "дашнаки" использовали "легальный канал" - фирму купца из Нахичевани-на-Дону Ивана Мартыновича Шапошникова.
Не менее активное участие "дашнаки", вместе с другими кавказскими революционерами, принимали участие в революционных событиях, разыгравшихся в описываемое время в Персии (Иране), за полное подчинение которой своей власти боролись две тогдашние величайшие империи мира - Российская и Британская. Россия поддерживала персидского шаха Мохаммада Али, Англия - сторонников оппозиционого шаху персидского парламента-меджлиса (своего рода персидский аналог "младотурок"). В помощь шаху при помощи русских военных советников была сформирована Персидская казачья бригада под командованием полковника В.П. Ляхова. Между прочим, в рядах этой бригады служил Мохаммад Реза-Хан, будущий основатель новой иранской династии Пехлеви (фактически свергнутый в 1941 г. англо-советскими силами вторжения, оккупировавшими Иран).
После роспуска шахом меджлиса 23 июня 1908 г. столица персидского Азербайджана - г. Тебриз - оказался во власти революционеров. Последние обратились к кавказским социал-демократам с просьбой о помощи в борьбе против "шахского деспотизма". Кавказский комитет РСДРП направил в Персию десятки революционных боевиков и бывших солдат, вооруженных пистолетами (главным образом - маузерами) и бомбами. Грузинские социал-демократы и "дашнаки" приняли активное участие в обороне Тебриза от шахских войск. Несмотря на то, что полковник Ляхов со своими персидскими казаками прочно удерживал под властью шаха столицу Персии Тегеран, Мохаммад Али так и не смог распространить свою власть на Тебриз. Персидские революционеры-националисты под командованием "дашнака" Ефрем-Хана Давидянца овладели г. Решт, столицей провинции Гилян. Впоследствии Ефрем-Хан Давидянц даже вошел в состав революционного персидского правительства.
Между тем, пока в Новочеркасске шло следствие по делу партии "Дашнакцутюн", 11 декабря 1908 г. в Тифлисе жертвой "дашнакских" боевиков пало несколько филеров (секретных агентов-сыщиков) местного охранного отделения, и жандармам также удалось обнаружить при обыске квартир "дашнаков" Минасяна, Огаджанова, Едигоровых и др. множество документов, содержание которых выходило за рамки следствия об убийстве. Так возник еще один центр расследования деятельности партии "Дашнакцутюн". Собранный следствием материал был настолько серьезен, что партия "Дашнакцутюн" отпустила 10 000 рублей (сумма, как уже говорилось, по тем временам немалая!) на его похищение или уничтожение.
