Введенный в монастыре устав был подобен уставу Кирилла Белозерского, о котором известно из Жития Кирилла, написанном во многом со слов Мартиниана. Важную роль в жизни братии играла их келья. Кирилл поучал: "Первым делом иди в келью, и келья всему тебя научит". Как и в монастыре, в келье нельзя было держать ничего своего. Нельзя было держать здесь даже воду для питья: когда брат хотел напиться, то, испросив разрешение у игумена, он отправлялся в трапезную. Единственное, что разрешалось иметь в келье - это книги и икону, да рукомойник, чтобы с чистыми руками к ним подходить.
Над кельей висит икона "Деисус" XVIII века, написанная, как свидетельствует резная запись на обороте, дьяком Самсоном
Васильевым. Известны две рукописных книги из библиотеки монастыря, писцом которых был этот дьяк. Он умер в 1766 году и погребен у церкви Мартиниана.
В трапезной был также строгий порядок - все садились на свои места и хранили молчание. Но именно в трапезной инок мог обратиться к братии, правда, в форме молитвы или чтения соответствующего текста Писания, для чего необходимо было отойти к западной грани центрального столпа. Столы стояли вдоль северной, южной и западной стен, поэтому тот, кто сидел с противоположной от стены стороне стола, оказывался спиной к говорящему. В монастырях со столь строгими уставами в трапезных устраивались скамейки (переметные скамьи) с высокими спинками, перекинув которые, можно было удобно сидеть и смотреть на говорящего. Переметные скамьи, стоящие в экспозиции, единственные подлинные элементы убранства трапезной
XVII века, напоминающие, что здесь не только принималась пища, но и совершалась духовная трапеза.
Наиболее важные должностные лица монастыря - игумен и старец-строитель имели в трапезной особые места. Кресло и стол игумена стояли у восточной грани столба напротив входа в церковь. За этим столом зачитывались грамоты и указы, присылавшиеся в монастырь, объявлялись решения, принятые игуменом и соборными старцами.
У южной грани находилось место старца-строителя. Круг его обязанностей не совсем понятен. Среди соборных старцев он занимал первое место. По-видимому, главной его обязанностью было духовное окормление братии. В последний период своей жизни Мартиниан был старцем-строителем.
В 1490 году был построен каменный собор Рождества Богородицы. На экспозиции представлены строительные материалы, использовавшиеся при его сооружении. В 1502 году собор был расписан Дионисием с сыновьями, тогда же ими был устроен иконостас. В 1920-е годы часть икон дионисиевского деисуса была вывезена в Третьяковскую галерею. В 1958 году в Русский музей увезены несколько деисусных и две местных иконы кисти Дионисия, позже все оставшиеся иконы перевезены в Кириллов. В настоящее время только одна икона деисуса находится в Ферапонтове. Икона "Иоанн Богослов" пока еще находится под записями, последние из которых появились в XIX веке. На обороте иконы находится текст XVI века: "Сию третьи икону святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова обложил серебром диак царев Юрьи Сидоров; да Павла апостола, да Андрея Первозваннаго" (из последних двух икон первая находится в Третьяковской галерее, а другая в Кириллове).
XVII век - время серьезных духовных исканий русского общества, порой противоречивых и нашедших выход в церковном расколе. Церковная реформа патриарха Никона, направленная на "исправление" богослужения и богослужебных книг, привела в движение такие силы общества, что не только ускорили ход истории, но и изменили русский национальный характер.
После низложения патриарх Никон был заточен в Ферапонтов монастырь, но десять лет, проведенные им здесь, не оставили памятников, сохранившихся до наших дней. Только надвратные церкви напоминают об опальном патриархе, которому они служили как домовые. На экспозиции находится портрет Никона, подаренный монастырю в 1913 году И.И.Бриллиантовым, первым историком монастыря. Портрет был исполнен ученицей 8-го класса Санкт-Петербургского Исидоровского училища Надеждой Косаревой, а позже исправлен художницей Татьяной Николаевной Гиппиус.
