Еще менее вероятно, что Никита в монастыре был в заключении, как случилось с монахом Адреяном, «укоряше бо сей церковныя законы, и епископы, и пресвитеры, и иноки…» заключенным митрополитом Леонтом в 1004 г. Или со «злым еретиком Дмитре», попавшем в темницу при митрополите Никите в 1123 г. Ведь святитель Никита считается если не одним из основателей, то одним из первых, принявших обет в новом монастыре. Да и местами заключения монастыри на Руси стали значительно позже. Отметим попутно, что рассказ о длительной схиме Никиты в монастыре может быть данью ангиографическому канону, требовавшему, чтобы святитель провел какую–то часть жизни в условиях сурового послушания, искушаемый Врагом рода человеческого.
По какой–то причине Никита не имел или не носил бороды. Так его запечатлела иконописная традиция. Русские святые, как правило, с бородой. Обычно без бороды на русских иконах лишь ангелы небесные, а из земных, лишь греки: великомученики Пантелеймон, Стефан или Дмитрий Солунский, Георгий–Победоносец и другие. Такой порядок в жестком иконописном каноне – дань греческим традициям. Одной из возможных причин могло быть то, что Никита был скопцом, что и сказано в житие «наложил на себя особенное воздержание». Скопчество было распространено в XI веке в Константинополе, хотя и не поощрялось официальной церковью. Скопцом был упомянутый еретик Адреян. В православии скопчество не получило распространения, хотя греки–евнухи Иоан II и упомянутый уже Ефрем занимали престол Киевской митрополии как раз во время жизни Никиты. Сведения о митрополите Ефреме противоречивы. Тот же Ефрем упоминается при освящении храма св. Михаила в Переяславле в 1091 г., как митрополит Переяславский, хотя на Руси в то время была всего лишь одна митрополия в Киеве. Известны и в то время и епископы–евнухи: видный церковный и государственный деятель смоленский владыка Мануил (1138–1147) прозванный Кастратом, владимиро–волынский и владыка Феодор (1136–1147). Интересно, что все скопцы были не русичами, а пришлыми из Византии
Скопчество также было широко распространено среди болгарских богомилов, учение которых обратило сердца духовенства, но не получило признания в народе. Богомилы верили, что спасение души достигалось путeм постепенного освобождения человека от материальной зависимости посредством максимального воздержания и аскетизма. Некоторые исследователи полагают, что под бунтом волхвов подразумеваются как раз богомильские волнения, сопровождавшиеся жесткой критикой церкви подобные происходившим на Балканах. Похоже, что и «укорение» скопцом Адреяном всей церкви идет от богомилов. На Руси были широко в ходу антибогомильские болгарские сочинения, как «Беседы трех святителей» или «Беседы пресвитера Косьмы». Не похоже, впрочем, что Никита впал в богомильскую ересь, поскольку богомилы не признавали святости большинства книг Ветхого Завета, а в Новом Завете наибольшее значение для богомилов имели Евангелие от Иоанна и Апокалипсис. Впрочем, существует более поздняя икона московского письма «Покровители русского воинства свв. Сергий Радонежский и Никита Новгородский», где Никита с бородой. Наверное, не смог иконописец смириться с таким нарушением – безбородый архиерей.
Так или иначе, но после воцарения в Киеве князя Святополка Изяславовича в 1093 г. Никита вновь вернулся к активной жизни и вошел в ближайший княжеский круг. Отметим, что среди иерархов, молившихся за Никиту, был черниговский владыка Феодосий, вместе с Святополком Изяславовичем, сыгравший решающую роль во время борьбы Мономаха против князя Олега за Чернигов. Наверное, неслучайно, Никита был поставлен епископом Новгородским в 1096 г. в старую вотчину князя, которому он предсказал княжение. Скорей всего Никита принимал участие в съезде в Любече в 1097 г., где уцелевшие в кровавой гражданской войне наследники Ярослава целовали крест и клялись в «устроении мира». Никита проявил себя мудрым государственным мужем, рачительным хозяином и хорошим пастырем. На фоне кровавой истории княжеских междоусобиц он остался в памяти народной светлым образом Богосвята, чудотворца и врачевателя милостью Божией, доброго, милосердного верующего человека. Его почитали святым уже в XII в. О Никите преподобный Поликарп, архимандрит Печерского монастыря (1164 – 1182), в связи с его избранием на кафедру Новгородскую, говорит: