Усилиями специалистов ФАПСИ осваивается новая область практического применения криптографии — обеспечение информационной безопасности с применением российских интеллектуальных карт, вырабатываются меры защиты автоматизированных систем управления так называемыми «критическими» технологиями, нарушение штатного функционирования которых может привести к существенным негативным последствиям для экономики государства, к техногенным и экологическим катастрофам.
4. Обеспечение Президента Российской Федерации, органов государственной власти независимой от других источников специальной информацией. С этой целью осуществляется внешняя разведывательная деятельность в политической, экономической, военной и научно-технической сферах с использованием радиоэлектронных средств, а также осуществляется сбор и аналитическая обработка данных о социально-экономическом состоянии регионов России, общественно-политических процессах и проблемах, моделирование различных ситуаций.
5. Информационно-технологическое обеспечение в пределах своей компетенции деятельности государственных органов Российской Федерации. Разработка, внедрение и сопровождение офисных систем, информационных технологий, включая защищенные локальные вычислительные сети и базы данных.
6. Участие в работах по правовой информатизации России, а также в создании в рамках Содружества Независимых Государств межгосударственной системы правовой информатизации. ФАПСИ выполняет эту работу с применением прогрессивных технологий, криптографических методов обеспечения целостности и достоверности правовых актов.
7. Участие в обеспечении экономической безопасности государства в банковской сфере и на рынке ценных бумаг. ФАПСИ решает эту задачу путем криптографической защиты электронной системы банковских расчетов, телекоммуникационного обслуживания участников финансового и фондового рынков России, разработки и внедрения российских интеллектуальных карт, голографических методов защиты документов, знаков соответствия, товарных знаков и ценных бумаг» [34].
Центральный аппарат ФАПСИ включал в себя управления, центры и другие подразделения центрального подчинения.
Главное научно-техническое управление (ГНТУ) ФАПСИ
Главное управление правительственной связи (ГУПС) ФАПСИ. Было создано на базе Управления правительственной связи КГБ СССР для обеспечения безопасности 100 абонентов президентской связи; 1000 абонентов АТС-1, предназначенной для крупных правительственных чиновников; 7000 абонентов АТС-2 обычной правительственной связи, а также 5000 абонентов правительственной междугородней связи, предназначенной для общения с регионами. Задачи ГУПС ФАПСИ: обеспечивать высшие органы государственной власти Российской Федерации, органы государственной власти субъектов Российской Федерации, центральные органы федеральной исполнительной власти, Совет безопасности специальными видами связи. В распоряжении ГУПС — так называемые Центры правительственной связи, расположенные в крупнейших городах России.
Главное управление безопасности связи (ГУБС) ФАПСИ . Предшественником этого управления ФАПСИ было Восьмое Главное управление КГБ СССР (шифрование и связь).
Главное управление радиоэлектронной разведки средств связи (ГУРРСС) ФАПСИ — внешняя радиоэлектронная разведка. Предшественником этого главка ФАПСИ было Шестнадцатое Главное управление КГБ СССР (радиоперехват и электронная разведка). В распоряжении этого управления находились (а теперь перешли по наследству в Третий главк ФАПСИ) спутники-шпионы, центры радиоперехвата в посольствах СССР, разбросанных по всему миру.
Главное управление информационных систем (ГУИС) ФАПСИ . Это управление через Ситуационный центр поставляло Президенту России около 80 % информации и отвечало за информационное и информационно-технологическое обеспечение всех заинтересованных органов государственной власти от Совбеза до ФСБ, включая и региональный уровень. Данное управление отвечало за информационное и информационно-технологическое обеспечение органов государственной власти, включая и региональный уровень. Агентство, с одной стороны, выполняло функции интегратора информационных ресурсов, а с другой — разработчика собственных аналитических материалов, подготавливаемых на основе оригинальных методик и моделей, образующих ядро информационно-аналитических систем (ИАС). Информация, которую готовило ГУИС, была в основном общественно-политического и социально-экономического характера. Кроме этого, ГУИС проводило мониторинг чрезвычайных ситуаций на территории страны, участвовало в реализации программы правовой информатизации регионов. Общественно-политическая информация отражалась данными и аналитическими материалами об общественно-политической жизни и проблемах России. Эти документы формировались на основе социологических опросов, обзоров и анализа публикаций средств массовой информации. Информационно-аналитическая поддержка этих работ осуществлялась с помощью соответствующей ИАС.