От Красноуфимска отряд Салавата выступил на соединение с восставшими в район Кунгура. По дороге его войска соединились с отрядами повстанцев, русских и башкир. С этого момента войска Салавата представляли грозную силу. Их численность достигала нескольких тысяч человек. В район Кунгура подошел отряд И. Кузнецова, посланный Зарубиным-Чикой. Город был осажден восставшими. Однако, несмотря на ожесточенные бои, артиллерийскую бомбардировку, Кунгур не был взят. Сказались тактические промахи восставших, неумение штурмовать укрепленные пункты.
В одном из штурмов Кунгура в конце января 1774 г. Салават Юлаев был ранен и вернулся домой. Через полтора месяца он снова активно принимает участие в восстании. С небольшим отрядом Салават освобождает Красноуфимск, который в январе, после его ранения, был взят правительственными войсками. Он возобновляет военные действия в центре Башкирии. Правительственные войска преследуют его отряд, и в середине марта Салават Юлаев терпит поражение близ деревни Богульши, однако не теряет присутствия духа и продолжает пополнять свое войско. Его представители, разосланные во все концы Башкирии, собирают воинов. В небольшой срок они пополнили поредевшие войска Салавата.
В апреле отряд Салавата Юлаева, насчитывающий свыше тысячи человек, приходит в Зауралье. Здесь башкирские войска занимают Катав-Ивановский и Симский заводы. В войска Салавата влились работные люди и мастеровые. Его отряд теперь насчитывал около 3 тысяч человек. Но войско было плохо вооружено, не было достаточно дисциплинировано и обучено. Все это не могло не сказаться на общей боеспособности отряда. Уже в начале мая при столкновении с правительственными войсками под командованием полковника Михельсона восставшие потерпели поражение. После ожесточенного боя, длившегося несколько часов, Салават был вынужден отступить. Храбрость и героизм восставших отметил сам полковник Михельсон, который в своем донесении писал: «Мы нашли такое сопротивление, какого не ожидали: злодеи, не уважая нашу атаку, прямо шли нам навстречу…» Царские войска преследовали отряд Салавата. Повстанцы отступали, сжигая заводы, которые могли служить опорными пунктами для карателей. Пытаясь сохранить отряд, Салават Юлаев пошел на соединение с главными силами восставших, и в начале июня 1774 г., в районе деревни Верхние Киги, он присоединился к войскам Пугачева. Вот как рассказывал об этой встрече с Салаватом Юлаевым сам Пугачев на следствии: «Пришел он в башкирские селения, где нашел стоящих на конях башкирцев до трех тысяч человек. И из оных, увидя идущую его толпу, старшина Салават, подъехав к нему, Емельке, сказал: „Это стоит наше башкирское войско, и мы дожидаемся, ваше величество, а нас де старшин здесь трое“. — „Благодарствую, послужите мне“», — ответил «Петр III». За мужество и за заслуги в пополнении и формировании повстанческих войск Пугачев «пожаловал» Салавата Юлаева чином бригадира, а его отца Юлая Азналина, «по просьбе народной», «над всеми в нашей стороне (то есть на территории Сибирской дороги — Ю. Л.) обитающими главным атаманом».
Объединенные повстанческие войска двинулись на запад через Урал. Салават Юлаев следовал в передовых частях пугачевской армии. Именно он захватил город Бирск, под которым вначале восставшие потерпели поражение. Отличился бригадир Пугачева и при штурме города Оса. Здесь он проявил личное мужество и храбрость. В бою под Осой Салават Юлаев был ранен в ногу и отпущен на лечение домой.
Наступил новый период деятельности Салавата Юлаева. Оторванный от основных сил повстанцев, от их Военной коллегии, от самого Пугачева, он продолжал оказывать сопротивление царской администрации и правительственным войскам. Салават активно способствовал продолжению Крестьянской войны 1773–1775 гг. в районе Урала и Зауралья, сковывая крупные воинские подразделения правительственных войск, «возмущая» все новые и новые районы, устанавливая органы власти восставших, набирая повстанцев в свои отряды. Это превосходно понимали представители царской администрации. Характерно, что значение участия Салавата в восстании очень четко сформулировано в одном из важнейших правительственных документов. В приговоре Оренбургского генерал-губернатора по делу башкирских старшин читаем: «Они (Салават Юлаев и Юлай Азналин —