Через месяц, 25 января 1774 г. штурм Уфы был повторен. Осаждающие произвели нападение с четырех сторон. Бой продолжался около десяти часов. Несмотря на численное превосходство повстанцев, их личное мужество, особенно предводителя Зарубина, штурм был отбит. Сказались общие недостатки тактики восставших — отсутствие опытных артиллеристов, нехватка огнестрельного оружия, неумение осаждать хорошо укрепленные крепости. Это причины неудач, характерные для всех отрядов повстанцев, в том числе и для войска Пугачева под Оренбургом.
После неудачных штурмов Зарубин решил перейти к длительной осаде города. Повстанческие отряды блокировали важнейшие пути, ведущие к городу, захватывали отряды, посланные из Уфы для сбора продовольствия и фуража. Одновременно «граф Чернышев» разослал представителей своего штаба для организации военных отрядов по всей Башкирии и Южному Уралу. Многие из них становились командирами крупных самостоятельных отрядов, как, например, Иван Степанович Кузнецов — «главный российского и азиатского войска предводитель», чьи войска действовали в районе Кунгура.
Весной 1774 г. в Уфе начался голод. Сдача города была неминуемой. Уфу могли спасти только правительственные войска. Именно в этот момент к городу подошли регулярные войска под командованием полковника Михельсона. Несмотря на ожесточенное сопротивление восставших, 24 марта 1774 г. отряды Зарубина потерпели поражение. Сам «граф Чернышев» с небольшим отрядом в 20 человек бежал на юг к Табынску, вероятно, пытаясь соединиться с повстанцами в этом районе. Но в 12 верстах от Табынска, на Богоявленском медеплавильном заводе Зарубина вместе с товарищами захватила в плен команда казачьего капрала А. Кузнецова. Пугачевцы были закованы в кандалы и содержались под строжайшим караулом. Несмотря на все меры предосторожности, тем не менее вскоре была сделана попытка освободить Зарубина и его товарищей. Из рапорта полковника Михельсона от 30 марта 1774 г. узнаем, что один из пугачевских атаманов (имя его в документе не указано) попытался освободить пленных — «он возмущал иноверцов, чтобы отбить называемого графа Чернышева с его сообщниками». Как указывалось в официальных документах, он бы освободил пугачевцев, «когда б не поспешила посланная (правительственная) команда». Инициатор «бунта» был захвачен и по приказу Михельсона повешен. Так неудачно закончилась попытка освобождения Зарубина.
В конце марта Зарубин был доставлен в Табынск. Здесь его допрашивали в первый раз и жестоко пытали, систематически избивали «кошками» — ременными веревками с узлами на концах, специально используемыми для наказания каторжников. Особенно усердствовали офицеры Михельсона, столь недавно испытавшие стойкость и мужество войск Зарубина. Вскоре атаман был передан в Следственную комиссию и отвезен в Москву, где «шеф» Тайной экспедиции Шешковский подверг его допросам и пыткам. Зарубин держался с твердостью и мужеством. Даже следователи признавали его преданность делу восстания. Как одного из самых опасных преступников Зарубина приговорили к смертной казни. Он присутствовал на казни Пугачева в Москве на Болоте. Затем Зарубина отвезли в Уфу и 10 февраля 1775 г. обезглавили. Труп мятежного атамана вместе с эшафотом сожгли, а голову воткнули на кол для всеобщего обозрения.
Жизнь Ивана Зарубина была ярчайшим примером борьбы беднейшего казачества против насилия самодержавия, «за волюшку казацкую», «за вольность народную».
Башкирские полковники Пугачева — Кинзя Арсланов и Салават Юлаев
В период Крестьянской войны 1773–1775 гг. восстанием были охвачены и многие национальные районы Российской империи, прежде всего Башкирия и Татария. Коренное население этих районов, жестоко страдавшее от эксплуатации царской администрации, помещиков, заводовладельцев и собственной феодальной верхушки, дало много энергичных и храбрых руководителей, ставших во главе борьбы против самодержавия. Среди них наиболее выдающимися были Кинзя Арсланов и Салават Юлаев.
Кинзя Арсланов был родом из Бушмас-Кыпчакской волости Нагайской дороги (района) Башкирии. Он хорошо знал грамоту, слыл начитанным человеком, писал и говорил по-русски. Кинзя Арсланов был уважаемым человеком среди своих земляков, к моменту восстания он уже 10 лет исполнял обязанности старшины Бушмас-Кыпчакской волости.
