Между тем над Францией в это время собирались тучи социальной грозы. Республиканское и рабочее движение росло и крепло с каждым днем и император Наполеон III, чтобы спасти свой колеблющейся трон, предпринял в 1870 г. войну с Германией, но был побежден немцами и разбит при Седане.
После того, как немцы взяли в плен французского императора, в Париже была провозглашена республика. В это время немецкие войска уже подступали к стенам Парижа. Республиканцы спешно организовали национальную гвардию для защиты родного города. Элизе Реклю был одним из первых, записавшихся в ряды гвардии, хотя как отец семейства, он и имел право быть освобожденным от участия в военных действиях. Вскоре Реклю перешел в воздухоплавательную команду, организованную его близким другом фотографом Надаром, которому он помогал в установке правильных сношений при посредстве воздушных шаров осажденного Парижа с остальными городами Франции. Своих малолетних дочерей Реклю отправил в Нормандию, в местечко Вакёйль, под присмотром одной своей знакомой, Фанни Лерминец, на которой он вскоре и женился.
Между тем в начале 1871 г. республиканское правительство решило сдать Париж немцам. Этот поступок вызвал взрыв негодования всего парижского народа, и национальная гвардия не захотела отдать свое оружие, решив продолжать защиту Парижа. 18-го марта 1871 г. в Париже вспыхнула снова революция, и Париж был объявлен свободным и независимым городом-коммуной. Республиканское правительство бежало в Версаль и собрало войско, которое было послано на усмирение восставшего Парижа.
4-го апреля версальские войска окружили Париж сплошным кольцом и решили прекратить доступ в город всяких съестных припасов. Тогда осажденные сделали вылазку около Шатильонского холма. В этой вылазке приняли участие и братья Реклю, но их отряд был разбит версальцами и Элизе попал в плен. В этот день — пятого апреля — Элизе Реклю пережил всевозможные нравственные и физические страдания и перенес много унизительных оскорблений. Этот день остался памятным для Реклю на всю жизнь. В Версале Реклю вместе с другими пленниками заковали в кандалы и отправили в Брест.
В Бресте Реклю, ожидая суда заканчивал второй том “Земли”. Несмотря на просьбу самого Реклю и его друзей о том, чтобы снять с него ручные кандалы, страшно мешавшие ему писать, правительство не разрешило Реклю этой льготы, и Элизе заканчивал скованными руками описание жизни на земле, призывая людей к любви к природе и ко всему живущему.
После шестимесячного пребывания в разных тюрьмах и на понтонах в Бресте, Реклю был снова переслан этапным порядком в Версальскую тюрьму и 15-го ноября 1871 г. был приговорен военным судом к вечной ссылке на поселение. (Во Франции местом ссылки служили тогда далекие острова Новой Каледонии.)
Такой жестокий приговор суда вызвал сильное негодование среди всех европейских ученых, и в Англии образовался особый комитет для защиты Элизе Реклю. Во главе этого комитета стали знаменитый Чарльз Дарвин, Уоллес, Карпентер и др. Этот комитет составил петицию французскому правительству, требуя смягчения приговора. “Мы осмеливаемся думать, — говорилось в петиции, — что жизнь такого человека, как Элизе Реклю, услуги которого, оказанные литературе и науке и признанные многочисленной публикой, кажутся нам лишь обещанием других еще более крупных заслуг, — мы осмеливаемся думать, что жизнь этого человека принадлежит не только его родной стране, но и целому миру, и что, обрекая такого человека на вынужденное молчание или заставляя его томиться далеко от центров цивилизации, Франция нанесет себе большой ущерб и уменьшит принадлежащее ей по праву свое моральное влияние в целом мире”.
Под давлением этой петиции, подписанной выдающимися европейскими учеными, французское правительство в феврале 1872 г. заменило вечную ссылку десятилетним изгнанием Реклю из пределов Франции.
14-го марта 1872 г., то есть почти через год после ареста, Реклю был доставлен в закрытой арестантской карете, с кандалами на руках, на границу Швейцарии и здесь был выпущен на свободу.
Разбитый нравственно и полубольной физически от тюремной жизни и перенесенных унижений и оскорблений, Реклю направился в Цюрих, куда удалось бежать из Парижа его брату Эли.
