Бруно бежал из монастыря и от инквизиции — и попал в город, превращенный в монастырь, где религиозное ханжество и мелочный контроль за нравами и поведением граждан были возведены в закон, где инквизиция слилась с государственной властью, где всеобщая слежка, добровольный и официальный шпионаж привели к установлению строжайшего контроля за мыслями.
20 мая 1579 г. Бруно был записан в «Книгу ректора» Женевского университета. Университет готовил проповедников новой веры. Каждый студент при поступлении произносил исповедание веры, содержащее основные догматы кальвинизма и осуждение древних и новых ересей. Статуты университета запрещали малейшее отклонение от доктрины Аристотеля. Правила ведения диспутов предусматривали, что каждый желающий выступить должен «воздерживаться от ложных учений, опасных умствований, суетного любопытства и трактовать предмет спора благочестиво и религиозно», не забывая предварительно представить тезисы своего выступления.
Уже первые выступления Бруно на диспутах навлекли на него подозрения в ереси. Но, несмотря на это, Ноланец напечатал памфлет, содержащий опровержение 20 ошибочных положений в лекции ректора университета Антуана Делафе, второго человека в Женеве, ближайшего соратника и друга самого Теодора Безы — главы кальвинистской общины. Тайные осведомители донесли городским властям о печатавшейся брошюре, и автор ее был схвачен и заключен в тюрьму. Кальвинистская инквизиция не уступала католической в жестокости, а фанатизмом последователи нового вероучения превосходили своих римских коллег. Многие из итальянских сторонников Реформации, бежавшие в Женеву в надежде найти осуществление своих чаяний, встретились там с той же религиозной нетерпимостью и нередко кончали свой путь на костре. Выступление Бруно рассматривалось женевским магистратом как политическое и религиозное преступление. Он был отлучен от церкви, подвергнут унизительному обряду покаяния и сразу же после освобождения из тюрьмы, в конце августа 1579 г., уехал из Женевы.
Из Лиона, где знаменитые типографы не нуждались ни в его рукописях, ни в его опыте корректора, Бруно перебрался в Тулузу. «Здесь я познакомился с образованными людьми» (12, стр. 338) — как ему не хватало их в доминиканском монастыре и кальвинистской Женеве! Объявленный им курс лекций о сфере — снова о сфере: именно в эти годы он уяснял для себя новую космологию, путь к которой открыл Николай Коперник, — привлек многочисленных слушателей. Долгие годы вынашивал он сокровенные мысли о строении вселенной: настало время громко сказать о них людям. А когда освободилась должность ординарного профессора (получить степень магистра искусств было нетрудно), Бруно был допущен к конкурсу и стал читать курс философии. В Тулузе никто не требовал от него исполнения религиозных обрядов, но университетский устав предписывал строить преподавание по Аристотелю, а Ноланец разрабатывал свою, враждебную аристотелизму философскую систему. Выступление против схоластической традиции ему простить не могли; лекции Бруно и попытка выступить с диспутом вызвали злобное возмущение его университетских коллег. «Повсюду я подвергался ненависти, брани и оскорблениям, даже не без опасности для жизни, от грубой и бессмысленной черни, побуждаемой скопищем увенчанных степенями отцов невежества», — вспоминал он позднее (17, стр. 7). Возобновившиеся на юге Франции военные действия между католиками и гугенотами и усиление католической реакции в Тулузе положили конец этому первому опыту университетского преподавания Бруно.
Летом 1581 г. Бруно прибыл в Париж. Факультет искусств знаменитой Сорбонны когда-то славился свободомыслием своих профессоров, чьи труды по математике и астрономии готовили кризис аристотелизма. Теперь здесь царил богословский факультет: его решения приравнивались к постановлениям церковных соборов.
От предложенной ему ординарной профессуры Бруно отказался: штатный профессор должен был посещать церковь и исполнять религиозные обряды. Ноланец предпочитал независимость.
Он объявил экстраординарный курс лекций по философии на тему о 30 атрибутах (свойствах) бога. Формально это был комментарий к соответствующему разделу «Свода богословия» Фомы Аквинского, по существу — опровержение томизма.