Действие третьего акта происходит в Париже, на площади, с правой стороны которой виден вход в церковь. Туда вскоре по поднятии занавеса проходит брачная процессия: Валентина, утратившая всякую надежду на взаимность со стороны Рауля, уступает настояниям отца и соглашается стать женою графа Невера, которого она просит после венчания оставить ее до вечера одну в часовне, где она хочет в уединении горячей молитвой испросить у Бога утешения и успокоения своей страждущей души, все еще любящей вероломного Рауля. Невер исполняет желание своей молодой супруги и, возвращаясь из церкви вместе с Сен-Бри, наталкивается на Марселя, прибывшего вслед за ними в Париж вместе с Раулем, письмо которого он вручает Сен-Бри. К своему ужасу, из слов Сен-Бри Марсель узнает, что письмо заключало вызов на дуэль; верный слуга решается подкараулить приход своего господина, чтобы вовремя явиться на помощь и предотвратить угрожающую его жизни опасность. Сен-Бри скрывает от Невера содержание письма, не желая нарушать счастья и покоя молодого супруга; удалившись с Моревером в капеллу, они составляют заговор на жизнь Рауля. Не замеченная ими Валентина слышит все и выбегает в ужасе из капеллы. Узнав Марселя, она рассказывает ему о заговоре и решается вместе с ним спасти жизнь любимого человека. Вскоре после Рауля приходят его противники с толпой вооруженных людей, которые окружают Марселя и Рауля. Марсель в отчаянии сзывает гугенотов, и вот вместо поединка начинается стычка многочисленной толпы. Внезапное появление королевы вместе с графом Невером, приехавшим за своей супругой, прекращает борьбу враждующих партий, которые расходятся, угрожая друг другу.
В четвертом действии Рауль, узнав, что Валентина его любит, проникает в ее дворец и объясняет ей причину грустного недоразумения, лишившего их обоих счастья. Рауль едва успевает спрятаться, как входят вельможи с графом Невером и Сен-Бри, который передает присутствующим план кровавого истребления гугенотов. Невер, возмущенный, отказывается принять участие в гнусном деле, считая его позорным для своей чести. Спрятавшийся Рауль узнает таким образом об опасности, грозящей гугенотам, и тотчас по уходе заговорщиков хочет бежать, чтобы спасти братьев или погибнуть вместе с ними. Слезы, мольбы и отчаяние Валентины на минуту колеблят его решимость, но когда до него доносятся из окна крики и стоны избиваемых, он поручает Валентину Богу и бросается из окна.
В пятом акте, который обыкновенно пропускается, показана кровавая резня Варфоломеевской ночи. Благородный Невер погибает, спасая жизнь Марселю. Валентина сопровождает всюду Рауля и, желая разделить его участь, примыкает к партии гугенотов. Сен-Бри, предводительствующий отрядом убийц, велит стрелять во всех встречных гугенотов и получает возмездие за свою жестокость, признав в убитой им женщине свою дочь.
Такой богатый сюжет, полный интереса, драматических, захватывающих положений, не мог оставить композитора равнодушным, и Мейербер принялся за сочинение со страстной энергией. Задолго до окончания оперы все газеты наперерыв восхваляли новое произведение маэстро; возбужденная ими публика ожидала оперу с лихорадочным нетерпением. Наконец опера была сдана дирекции; уже собирались приступить к разучиванию ее, когда г-жа Мейербер опасно заболела и должна была, чтобы поправить здоровье, ехать на воды. Мейербер последовал за женой и, к отчаянию директора, увез оперу с собой, предпочитая заплатить 30 тысяч франков неустойки, чем поручить судьбу своего детища чужим попечениям. Ко всеобщему удовольствию, болезнь г-жи Мейербер была непродолжительна, все семейство вскоре вернулось в Париж, и на 29 февраля 1836 года было назначено первое представление «Гугенотов», а директор театра был настолько благороден, что вернул Мейерберу 30 тысяч обратно. Мирекур рассказывает, что накануне самого дня представления, после генеральной репетиции Мейербер, взволнованный и бледный, вбежал в квартиру своего друга Гуэна.
– Что с тобой? – спросил его Гуэн, испуганный его расстроенным видом.
Маэстро в отчаянии опускается в кресло и говорит: