25 марта 1944 года в воздух поднялся следующий прототип - Do 335V6 (CP+UF, W.Nr. 230006), предназначенный для испытаний оборудования. На этом прототипе испытывался, в частности, радиоальтиметр FuG 101. Полеты на шестом прототипе проводил Альтрогге. Вероятно (хотя точной информации нет), V6 был дублером V7 в программе испытаний двигателя Jumo 213, проводившихся летом 1944 года на фирме Junkers в Дессау.
До этого времени испытания прототипов проходили без серьезных проблем. Единственным серьезным недостатком была недостаточность системы охлаждения заднего двигателя. 15 апреля (в литературе также сообщаются даты 14 и 16 апреля) Дорнье потерял один прототип и пилота. Во время полета на малой высоте у Do 335V2 загорелся задний двигатель. Огонь, по-видимому, повредил тяги рулей, и неуправляемый самолет рухнул на склад снарядов зенитной артиллерии в районе Меммингена. Пилот Вернер Альтрогге не сумел покинуть самолет и погиб под его обломками. По правде говоря, ни о каких обломках и речи не было. Взрыв склада боеприпасов развеял тело пилота и самолет в мелкую пыль. Место погибшего летчика занял флюгкапитан Карл-Хайнц Аппель. Причину катастрофы точно определить не удалось, поскольку отсутствовали хоть какие-нибудь материальные свидетельства.
Следующий прототип - Do 335V7 (CP+UG, W.Nr. 230007) - был готов в мае 1944 года. Его облетали 19 мая, после чего передали на предприятие Junkers в Дессау. Там самолет должны были подготовить к установке двигателей Jumo 213, по характеристикам похожие на DB 603. Скорее всего, V7 ни разу не поднимался в воздух с двигателями Jumo 213, а в январе 1945 года машину вернули Дорнье. Известен один послевоенный снимок этого самолета - разбитая машина, брошенная на опушке леса (правда, на фото можно разглядеть только второстепенные детали конструкции). Передний мотор оторван и валяется на боку перед самолетом. Фотография очень низкого качества, невозможно точно определить тип заднего двигателя. Передний, оторванный двигатель по мнению специалистов - стандартный DB 603. Скорее всего, вернувшись на родной завод, самолет получил «родные» двигатели. Правда, есть предположение, что Юнкере заменил только задний мотор. В этом случае у прототипа воздухозаборники обоих двигателей должны находиться на одном, правом борту. Объединение двух разных двигателей в одном фюзеляже было возможно, так как оба мотора работали на бензине В4 с октановым числом 87. На серийных самолетах, конечно, предполагалось ставить двигатели одного типа. Но другие подробности проекта навсегда останутся тайной.
Следующим прототипом стал Do 335V8 (CP+UH, W.Nr. 230008), который предполагалось передать на фирму Daimler-Benz. Там на машину должны были поставить моторы DB 603E (или LA). Установка новых двигателей влекла за собой переделку капотов, а также ряд других переделок, в том числе укороченные воздухозаборники для турбонаддува. В октябре 1944 года в Менгене прототип совершил пробный полет на большой высоте, а с февраля испытания 8-го «ферзуха» проводили в Рехлине.
Do 355V9 (CP+UI, W.Nr. 230009) был последним прототипом перед началом серийного производства. От своих предшественников самолет отличался усиленным шасси, а также рядом усиленных деталей внутренней конструкции. Кроме того, в конструкции самолета учли опыт испытаний предыдущих прототипов.
Девятый прототип служил образцом для модификации истребителя-бомбардировщика Do 335A-0/A-1. Первый полет Do 335V9 совершил 29 июня 1944 года. Управлял самолетом Квенцлер. Самолет был вооружен пушкой МК 103 с боекомплектом 70 выстрелов. Пушка стреляла через вал винта. Кроме того, над двигателем стояли два 15-мм пулемета MG 151с боекомплектом 200 выстрелов на ствол. Испытания вооружения прошли в июле 1944 года. На V9 стояли 12-цилиндровые рядные двигатели DB 603A-2 с перевернутым V-образным блоком цилиндров.
7 августа 1944 года самолет передали в исследовательский центр люфтваффе в Рехлине (Erprobungsstelle Rechlin). Испытания проводились с целью выяснить годность самолета к службе в линейных частях. Испытания проводил один из опытнейших пилотов центра инженер Генрих Бовэ. По всей видимости, Бовэ летал на всех типах самолетов, созданных в Рейхе. Он участвовал в испытаниях транспортника Аг 232, реактивных истребителей Не 280 и Me 262, ракетного Me 163 «Komet», разведчика Fi 256, ночного истребителя Та 154 и даже планера Fa 223. Удача способствовала Бовэ, он пережил все свои самолеты. Например, удача была на его стороне 18 августа 1944 года, когда он посадил аварийный V9, лишь незначительно повредив машину. Самолет удалось быстро отремонтировать и продолжить испытания.
