В феврале 1872 года о. Николай оставляет Хакодате и переезжает в Токио. Там в районе Канда (Суругадай) он устраивает Миссию и начинает проповедь в Токио и его окрестностях и далее — в районах Токай и Кансай. К этому времени Хоккайдо и Тохоку уже были как своего рода мощный тыл, хинтерланд, способный поддерживать дальнейшую миссионерскую деятельность Православной Церкви в Японии.
Учреждение Духовной Миссии в Японии
Еще раз возвратимся к хакодатскому периоду подготовки к миссионерской деятельности. В 1868 году о. Николай пишет в конце уже цитировавшейся выше статьи «И в Японии жатва многа»: «Из всего, сказанного доселе, кажется, можно вывести заключение, что в Японии, по крайней мере в ближайшем будущем: жатва многа… Католичество и протестантство заняли весь мир… Вот и еще страна, уже последняя в ряду новооткрытий: хоть бы здесь мы могли стать наряду с другими… Буду, даст Бог, не заброшен и я здесь один, обреченный на бесплодный одиночный труд. С этою надеждою я ехал сюда, ею семь лет живу здесь; об осуществлении ее самая усердная моя молитва, в это осуществление, наконец, я так верю, что подал прошение об увольнении меня в отпуск и, по получении разрешения, еду в Петербург ходатайствовать пред Святейшим Синодом об учреждении здесь миссии».
Получив желаемый отпуск, о. Николай в начале 1869 года возвращается в Россию и в течение двух проведенных там лет неустанно убеждает Синод и влиятельных церковных иерархов в необходимости открытия Миссии в Японии, а также посещает четыре российские духовные академии, где горячо призывает молодых академистов заняться проповедью православия в Японии.
Во время своего пребывания в России, в сентябре 1869 года, о. Николай опубликовал в журнале «Русский вестник», редактором которого был влиятельный консервативный журналист Катков, длинную статью под названием «Япония с точки зрения христианской миссии». В ней он снова рассказывает образованному слою русских людей о ситуации в Японии и пишет о том, что проповедь православия в Японии обязательно принесет свои плоды.
Публикуемые нами ныне «Дневники св. Николая Японского» начинаются с записи, сделанной 1 марта 1870 года (все даты во время пребывания в России — по старому стилю) в Александро–Невской лавре в Петербурге во время этого возвращения в Россию.
Если коротко описать дальнейшую деятельность о. Николая и историю Японской Православной Церкви, то 6 апреля 1870 года (старого стиля) было утверждено определение Святейшего Синода об учреждении Российской Духовной Миссии в Японии, а сам о. Николай назначен ее начальником с возведением в сан архимандрита. В марте 1871 года он с новыми чаяниями едет в Японию, чтобы опять взяться за миссионерскую работу.
А в конце 1871 года в Японию приехал новый сотрудник — иеромонах Анатолий (Тихай). О. Николай поручил церковь в Хакодате Анатолию, а сам выехал в столичный Токио, где приступил к проповеди.
И затем в течение 40, а с первого приезда в страну — 50 лет о. Николай трудился над распространением православия в Японии.
Как уже было указано в главе о Е. В. Путятине, с марта 1879 по ноябрь 1880 года о. Николай во второй и последний для него раз ездил в Россию для сбора средств на строительство собора в Токио. Во время этого возвращения, 30 марта 1880 года, в кафедральном соборе Александро–Невской лавры в Санкт–Петербурге он был хиротонисан во епископы.
Дневниковые записи, сделанные во время этого второго возвращения, подробно рассказывают нам о том, с кем был связан о. Николай и какие люди в России оказывали поддержку работе Православной Миссии в Японии. В этом смысле прежде всего необходимо назвать имя митрополита Исидора (Никольского), который был наиболее мощной опорой для о. Николая в его миссионерских трудах в Японии. О. Николай до конца своих дней почитал и с любовью вспоминал митрополита Исидора как своего учителя и благодетеля. Вот что он пишет в своем Дневнике в праздник Успения Пресвятой Богородицы: «Двадцать четыре года тому назад в этот день я служил Литургию в Крестовой Церкви Высокопреосвященного Митрополита Исидора в Петербурге вместе с ним и после нее уехал из Петербурга сюда. Накануне хотел уехать, но владыка удержал: „Зачем так торопиться? Завтра помолимся вместе, тогда и отправляйтесь”. Сегодня вспомнил это и грустно и бедно молился, стоя в алтаре» (15/28 августа 1904 года).