Так начинал зарождаться сибирский местническо-патриотический протест против абсолютно неограниченного всевластия метрополии. Вместе с тем, считая опасным для целостности страны провозглашение полной политической независимости, сибирские автономисты, начиная с самых первых публичных выступлений, а потом и газетных публикаций, всегда с неизменной принципиальностью подчёркивали стремление произвести революционный переворот, в первую очередь, в направлении культурно-образовательной и экономической самостоятельности своего региона не менее, но весте с тем и не более того. Единственным же их политическим требованием являлась программа по демократизации системы управления, то есть учреждения на территории Сибири городского и земского самоуправления, а также гласного суда.
Самым же сокровенным желанием областников на первых порах по-прежнему оставалось стремление добиться от царского правительства разрешения на открытие в Сибири собственного университета, который должен был стать не просто научно-образовательным, но вместе с тем и крупным научно-исследовательским центром, призванным дать новый толчок к развитию сибирского регионального самосознания. Автономисты также пытались, как могли, уже тогда защищать права и интересы местного бизнеса, включая в свои лекции и многие экономические вопросы. Ну и, наконец, последнее, к чему постоянно призывали молодые пропагандисты областнических идей, — это защита бесценных культурных традиций аборигенных народов Сибири и Дальнего Востока. Вот, пожалуй, и все пункты изначальной, ставшей потом классической, программы сибирских областников. Однако в условиях «захудалой и заброшенной провинции» Сибирь «не заметила тогда призыва областников и не пошла за ними». Вот почему вполне достаточным оказалось тогда произвести разгром кружка первых сибирских автономистов, наскоро обвинённых в пропаганде антироссийского политического сепаратизма, чтобы их идеи вместе с ними самими на долгие годы растворились, как говорится, во тьме исторического безвременья.
Весной 1865 г. Григорий Потанин, Николай Ядринцев и ещё один начинающий областник, отставной артиллерийский поручик Евгений Колосов, были арестованы на заимке купца Пичугина под Томском, где они производили естественноисторическую, как они это называли, научную экскурсию, после чего их отправили под конвоем в генерал-губернаторский Омск. Поводом для ареста послужила, обнаруженная в среде учащейся молодёжи Омска и Иркутска, прокламация под названием «Патриотам Сибири», в которой чёрным по белому заявлялось о том, что «для блага отечества, для блага каждого из нас необходимо отделиться от России». Авторство данного манифеста сразу же приписали группе Потанина и Ядринцева; являлась ли злополучная прокламация фальшивкой, сфабрикованной в омском жандармском управлении, или действительно «отец Пафнутий руку приложил» — до сих пор так и остаётся загадкой. Но делу дали ход, и три года спустя Потанин получил 12 лет каторги, заменённых впоследствии содержанием в крепости Свеаборг. Ядринцева также первоначально приговорили к 12 годам каторжных работ, однако позднее ему определили в качестве наказания поселение на территории одной из самых северных губерний России — Архангельской. К суду по делу о «сибирском сепаратизме», кроме самих участников молодёжного кружка автономистов, оказался тогда привлечён и один из теоретиков областничества Афанасий Прокопьевич Щапов.
После высочайшего помилования в 1874 г. Потанин и Ядринцев вновь вернулись в Сибирь и продолжили каждый на своём поприще и на первых порах строго в рамках дозволенного, некогда начатое ими великое дело по культурному возрождению Сибири. Потанин, как в дни юности, потянулся к тайнам Востока и по поручению Русского географического общества совершил несколько замечательных путешествий в Монголию, Тибет и Китай. Ядринцев же, полностью переключившись на публицистику, стал почти на два десятка ближайших лет лидером областнической мысли в Сибири. Сначала он сотрудничал в «Камско-Волжской газете» в Казани, а потом — в газете «Сибирь», издававшейся в Иркутске, а еще позднее — в петербургском «Восточном обозрении». Последнее издание Ядринцев редактировал сам, и именно эта газета стала, по мнению многих исследователей, поистине «благодатным весенним дождём» для сибирского областнического движения. Теперь, после воодушевляющих статей Ядринцева, почти повсюду в Сибири начали появляться многочисленные легальные кружки приверженцев идей автономного мирообустройства.
