В июне 1917 года вступил в силу так называемый Закон о шпионаже (16 мая 1918 года был принят новый закон, усиливший наказания, предусмотренные законом 1917 года). Его принятие было вызвано, главным образом, страхом перед немецкими шпионами и диверсантами. На основании этого закона Бюро получило право ареста подозреваемых в связях с противником, а также проводить профилактические мероприятия в отношении общественно опасных настроений. О том, насколько эффективными были действия американских контрразведчиков, авторы «Энциклопедии шпионажа» Норман Полмар и Томас Аллен пишут следующее:
«Вооруженные Законом о шпионаже, правоохранительные органы США совершили тысячи арестов, тысячи людей были привлечены к суду, однако среди них не оказалось ни одного шпиона. Закон о шпионаже превратился в инструмент борьбы с инакомыслием».
Не преуспев на поприще ловли немецких шпионов, Бюро расследований сосредоточило свои усилия на борьбе с инакомыслящими. Такой поворот был более чем актуален. В самом деле, вряд ли тогдашнее американское политическое руководство всерьез верило в возможность победы Германии в Первой мировой войне. А вот страх перед экспортом большевистской революции в Соединенные Штаты у него, несомненно, присутствовал.
В результате 1 августа 1919 года для борьбы с политическим радикализмом в составе Бюро расследований создается специальный отдел, переименованный в 1920 году в Управление общих расследований (General Intelligence Division, GID). Вставший во главе этого подразделения 24-летний Джон Эдгар Гувер (назначенный в 1921 году заместителем директора Бюро и впоследствии возглавлявший ФБР на протяжении 48 лет) развил бурную деятельность, проводя массовые аресты «неблагонадежных элементов». Так, например, он арестовал свыше 200 членов профсоюза русских трудящихся, усмотрев в деятельности последнего «пропаганду анархии, атеизма, аморальности и насилия». В декабре 1919 года они были депортировали из страны. А в январе 1920 года Гувер организовал еще одну грандиозную облаву, в ходе которой в более чем 30 городах было одновременно арестовано 10 000 человек. Правда, большинство вскоре пришлось отпустить, а из 3500 лиц, отобранных для депортации, реально выслали из США лишь 556 человек.
Основными «внутренними врагами» американской политической системы в глазах GID были различные анархистские, коммунистические и профсоюзные организации. Среди последних особенно выделялась созданная в 1905 году и объединявшая в своих рядах более 6 тысяч человек организация «Индустриальные рабочие мира». На протяжении 1918–1919 годов ее члены неоднократно обвинялись Бюро расследований в подготовке различных террористических актов, однако доказательств этого добыть так и не удалось. К 1922 году Бюро располагало картотекой уже более чем на 500 тысяч американских граждан. В 1922 году на GID была возложена также борьба со шпионажем, наркобизнесом и проведение расследований в интересах других федеральных ведомств.
Однако с приходом в Белый дом президента Кэлвина Кулиджа деятельность Бюро расследований была переориентирована с преследований инакомыслящих на борьбу с уголовной преступностью. Возглавивший в марте 1924 года министерство юстиции Харлан Ф. Стоун приостановил программу борьбы с радикализмом, запретил GID прослушивание телефонных разговоров, привлечение к негласному сотрудничеству членов радикальных организаций и групп и внедрение в их ряды официальных сотрудников Бюро. Стоя на формальных позициях «буржуазной юстиции», Стоун полагал, что компетенция ФБР должна определяться федеральными законами. Практика последующих десятилетий наглядно продемонстрировала, что он заблуждался.
В мае того же 1924 года Гувер был назначен исполняющим обязанности директора Бюро расследований, а в декабре он стал его полноправным директором. На момент прихода Гувера к руководству в Бюро расследований работало 650 служащих, включая 441 специального агента.
В 1932 году конгресс утвердил федеральный закон о похищениях людей, ставший первым из длинной череды юридических актов, постепенно расширивших полномочия и влияние Бюро расследований, которое 1 июля того же года было переименовано в Бюро расследований США. В августе 1933 года последовало новое переименование, и Бюро стало называться Управлением расследований. При этом сфера деятельности организации резко расширилась — в его состав была включена служба, контролирующая выполнение «сухого закона» (впрочем, в декабре 1933 года «сухой закон» был отменен). Наконец, в июле 1935 года ведомство Гувера было преобразовано в Федеральное бюро расследований (ФБР), а Гувер стал его первым директором.