«Начался свирепый разгром института, — вспоминает Е. Н. Синская. — Совещания и партийные заседания сделались невыносимыми. Каждому из нас грозила реальная опасность получить инфаркт или что-нибудь в этом роде… Одной из первых жертв террора оказался заведующий биохимическим отделом ВИРа — старый профессор H. H. Иванов. Он разволновался на одном из ученых советов, затем поспорил в кабинете, который хотели у него отобрать, пришел домой и сказал: «Так дальше жить нельзя». Лег, и через час его нашли мертвым».
Уникальные специалисты, подобные Николаю Николаевичу Иванову, стали объектом настоящей травли. Органы государственной безопасности и новый директор ВИРа И. Г. Эйхфельд (способный агроном и не профан в биологии, но верный последователь Лысенко) еще с 1937 года как будто соревновались в том, кто сумеет «подбить» больше «высоколобых». Один за другим были арестованы генетик с мировым именем профессор Г. Д. Карпеченко, международно известный цитолог профессор Г. А. Левитский, самый крупный специалист по бобовым Л. И. Говоров. Пошел в тюрьму заместитель директора ВИРа по общим вопросам Н. В. Ковалев. Одновременно Эйхфельд выгнал из института ведущего специалиста по ягодным культурам профессора М. А. Розанову, талантливого генетика М. И. Хаджинова, видных растениеводов М. Г. Попова и Ф. X. Бахтеева, биохимика M. H. Княгиничева и многих других научных сотрудников, когда-либо неодобрительно отозвавшихся о Лысенко; их приказано было «передавать на производство». Передача состояла в том, что ученых отправляли в колхозы.
Массовая ссылка ученых не была изобретена новыми хозяевами ВИРа. Это «мероприятие» запланировал во всесоюзном масштабе нарком земледелия СССР Бенедиктов. Его приказ требовал, чтобы каждый третий ученый — специалист в области биологии и сельского хозяйства был отправлен в колхоз, совхоз или в низовые земельные органы «для укрепления». Приказ вышел 2 января 1940 года, а уже пять дней спустя президент ВАСХНИЛ Лысенко дал указание: «Пересмотреть структуру аппарата Академии и институтов под углом зрения сокращения отдельных структурных единиц…» Пока Вавилов оставался директором ВИРа, он, как мог, отстаивал от разрушения «структурные единицы», то бишь лаборатории и отделы Института растениеводства. Но осенью сорокового года Эйхфельд сделал приказ наркома законным основанием для массовой высылки ученых из Ленинграда. Разгромив отдел кормовых культур, лысенковцы отправили «на производство» научных сотрудников В. В. Суворова, М. А. Шебалину, К. В. Иванову, Б. И. Сечкарева, из Московского отделения уволили М. С. Щенкову, А. И. Сметанникову. Дольше других продержался в институте профессор Е. В. Вульф. Блестяще образованный ботаникогеограф, теоретик, автор классических трудов по происхождению и распространению земной флоры, он, по словам профессора Синской, «хотел перетерпеть», но всеобщее беснование в конце концов проникло и через стены его глухоты. Вульф ушел… Сама Синская тоже была вынуждена покинуть институт, где проработала не один десяток лет, где получила степень доктора биологических и сельскохозяйственных наук. «Оставаться было невозможно, — пишет она. — Аресты не прекращались и становились все более непонятными. Был схвачен академик А. И. Мальцев, который высказывал радость по поводу ареста Николая Ивановича, однако его причислили к той же «подпольной организации», которой якобы руководил Вавилов. Потом взяли профессора К. А. Фляксбергера, ведавшего отделом пшениц. Об истинных причинах его ареста никто ничего не знал. В ВИРе стало тяжело и мрачно, как в могиле».
«Разрушение Вавилона», задуманное лысенковцами еще в 1938–1939 годах, осенью сорокового достигло апогея. Лысенко направил в ВИР близкого ему человека, некоего Зубарева, с проверочной комиссией. Комиссия должна была подтвердить, что в нынешнем виде институт не только не приносит пользы сельскому хозяйству, но даже мешает колхозам и совхозам. В обстановке террора и всеобщего страха члены комиссии легко справились с возложенными на них задачами. Зубарев провел серию грубых допросов, оскорблял, осмеивая старую профессуру, вынудил одних подать заявление об уходе, других смириться с беззаконием. Глядя на «деятельность» комиссии, даже сторонние наблюдатели поняли: Лысенко не успокоится, пока не разрушит детище Вавилова до основания. И хотя советские газеты не поместили ни строки о том, что делается в стенах Института растениеводства, хотя о разрушении лучшего в мире научного растениеводческого учреждения ни слова не произнесло советское радио, весть о неизбежном разгроме ВИРа очень скоро прокатилась по всей стране. В Узбекистане, Крыму, на Северном Кавказе местные государственные и земельные органы начали захватывать станции и опорные пункты, принадлежащие ленинградскому институту. Опытную сеть, раскинувшуюся по всем почвенно-климатическим зонам СССР, сеть, которую Вавилов создавал десятилетиями, стали рвать на части. Во вновь «захваченных» учреждениях местные органы перекраивали на свой лад всю научную работу и, конечно же, запрещали продолжать исследования, предпринятые по инициативе Вавилова.